ویکی‌پدیا

پرونده:Coronavirus. SARS-CoV-2.png

پروندهٔ اصلی ‏(۲٬۰۴۸ × ۲٬۰۴۸ پیکسل، اندازهٔ پرونده: ۴٫۵۴ مگابایت، نوع MIME پرونده: image/png)

این تصویر از ویکی‌انبار است.

خلاصه

توضیح
Deutsch: Wissenschaftlich genaues Atommodell der äußeren Struktur des SARS Coronavirus 2 (SARS-CoV-2), einem Stamm (genetische Variante) des Coronavirus, der die Coronavirus-Krankheit (COVID-19) verursachte und erstmals im Dezember 2019 in Wuhan, China, identifiziert wurde.

Jeder einzelne Ort (amorpher Fleck) ist ein Atom von:

 
kobalt: Virushülle
 
purpurrot: Hüllproteine
 
grün: Matrixproteine
 
orange: Glucose (Glycane)
 
türkis: Spike-Proteine
English: Scientifically accurate atomic model of the external structure of the Severe Acute Respiratory Syndrome CoronaVirus 2 (SARS-CoV-2), a strain (genetic variant) of the coronavirus that caused coronavirus disease (COVID-19), first identified in Wuhan, China, during December 2019

Each separate locus (amorphous blob) is a molecule of:

 
cobalt: membrane
 
crimson: E protein
 
green: M protein
 
orange: glucose (glycan)
 
turquoise : S (spike) glycoprotein
Español: Modelo atómico de la estructura externa del SARS-CoV-2. Cada "bola" es un átomo.
Leyenda:
 
azul cobalto — membrana
 
turquesa — glicoproteína de pico (S)
 
carmesí — proteína E
 
verde — proteína M
 
naranja — glucosa
Русский: Научно достоверная атомарная модель внешней структуры коронавируса (SARS-CoV-2). Каждый "шарик" — атом. Опубликовано на N+1.

Научный консультант:
Никитин Н. А. (доктор биологических наук, специалист в области вирусологии)
Борисевич С.С. к.х.н специалист по молекулярному моделированию поверхностных вирусных белков, руководитель группы «Кванты и Динамика», (с.н.с. лаборатория химической физики УфИХ РАН)
Архипова В.И. (специалитет по направлению фундаментальная и прикладная химия. Лаборатория химии РНК, Институт химической биологии и фундаментальной медицины Сибирского отделения Российской академии наук).

  • В работе были использованы следующие структуры из открытых источников:

Protein Data Bank: 2mls, 6y3y, 5x29, 6yyt Charmm-gui: 6vsb_1_1_1_S309

  • Цветовое обозначение:
 
кобальт — мембрана.
 
бирюза — S-белок.
 
малиновый — E-белок.
 
зелёный — M-белок.
 
оранжевый — гликаны.
Проект был сделан в соответствии с научными источниками:
  1. Surya, W., Li, Y., Torres, J. Structural model of the SARS coronavirus E channel in LMPG micelles. // Biochim. Biophys. Acta - Biomembr. – 2018. – Vol. 1860. – N. 6. – P. 1309–1317.
  2. Koppisetti, R. K., Fulcher, Y. G., Jurkevich, A., Prior, S. H., Xu, J., Lenoir, M., Overduin, M., Van Doren, S. R. Ambidextrous binding of cell and membrane bilayers by soluble matrix metalloproteinase-12. // Nat. Commun. – 2014. – Vol. 5. – P. 1–14.
  3. Hillen, H. S., Kokic, G., Farnung, L., Dienemann, C., Tegunov, D., Cramer, P. Structure of replicating SARS-CoV-2 polymerase. // Nature. – 2020. – Vol. 584. – N. 7819. – P. 154–156.
  4. Harris, L. J., Larson, S. B., Hasel, K. W., McPherson, A. Refined structure of an intact IgG2a monoclonal antibody. // Biochemistry. – 1997. – Vol. 36. – N. 7. – P. 1581–1597.
  5. Noreng, S., Bharadwaj, A., Posert, R., Yoshioka, C., Baconguis, I. Structure of the human epithelial sodium channel by cryo-electron microscopy. // Elife. – 2018. – Vol. 7. – P. 1–23.
  6. Almond, A., DeAngelis, P. L., Blundell, C. D. Hyaluronan: The Local Solution Conformation Determined by NMR and Computer Modeling is Close to a Contracted Left-handed 4-Fold Helix. // J. Mol. Biol. – 2006. – Vol. 358. – N. 5. – P. 1256–1269.
  7. Hurdiss, D. L., Drulyte, I., Lang, Y., Shamorkina, T. M., Pronker, M. F., van Kuppeveld, F. J. M., Snijder, J., de Groot, R. J. Cryo-EM structure of coronavirus-HKU1 haemagglutinin esterase reveals architectural changes arising from prolonged circulation in humans. // Nat. Commun. – 2020. – Vol. 11. – N. 1. – P. 1–10.
  8. Yan, Renhong, Yuanyuan Zhang, Yaning Li, Lu Xia, Yingying Guo, Q. Z. Structural basis for the recognition of SARS-CoV-2 by full-length human ACE2. // Science (80-. ). – 2020. – Vol. 3. – N. 3. – P. 1–8.
  9. Javitt, G., Khmelnitsky, L., Albert, L., Bigman, L. S., Elad, N., Morgenstern, D., Ilani, T., Levy, Y., Diskin, R., Fass, D. Assembly Mechanism of Mucin and von Willebrand Factor Polymers. // Cell. – 2020. – Vol. 183. – N. 3. – P. 717-729.e16.
  10. Daniel Wrapp, Nianshuang Wang, Kizzmekia S. Corbett, Jory A. Goldsmith, Ching-Lin Hsieh, Olubukola Abiona, B. S. G., McLellan, and J. S. Cryo-EM structure of the 2019-nCoV spike in the prefusion conformation. // Science (80-. ). – 2020. – Vol. 21. – N. 1. – P. 1–9.
  11. Wang, M. Y., Zhao, R., Gao, L. J., Gao, X. F., Wang, D. P., Cao, J. M. SARS-CoV-2: Structure, Biology, and Structure-Based Therapeutics Development. // Front. Cell. Infect. Microbiol. – 2020. – Vol. 10. – N. November. – P. 1–17.
  12. Yao, H., Song, Y., Chen, Y., Wu, N., Xu, J., Sun, C., Zhang, J., Weng, T., Zhang, Z., Wu, Z., Cheng, L., Shi, D., Lu, X., Lei, J., Crispin, M., Shi, Y., Li, L., Li, S. Molecular Architecture of the SARS-CoV-2 Virus. // Cell. – 2020. – Vol. 183. – N. 3. – P. 730-738.e13.
  13. Oostra, M., de Haan, C. A. M., de Groot, R. J., Rottier, P. J. M. Glycosylation of the Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus Triple-Spanning Membrane Proteins 3a and M. // J. Virol. – 2006. – Vol. 80. – N. 5. – P. 2326–2336.
  14. B.W. Neuman, M. J. B. Supramolecular Architecture of the Coronavirus Particle. // Adv. Virus Res. – 2020. – Vol. 96. – P. 1–27.
  15. Neuman, B. W., Kiss, G., Kunding, A. H., Bhella, D., Baksh, M. F., Connelly, S., Droese, B., Klaus, J. P., Makino, S., Sawicki, S. G., Siddell, S. G., Stamou, D. G., Wilson, I. A., Kuhn, P., Buchmeier, M. J. A structural analysis of M protein in coronavirus assembly and morphology. // J. Struct. Biol. – 2011. – Vol. 174. – N. 1. – P. 11–22.
  16. Yu, A., Pak, A. J., He, P., Monje-Galvan, V., Casalino, L., Gaieb, Z., Dommer, A. C., Amaro, R. E., Voth, G. A. A multiscale coarse-grained model of the SARS-CoV-2 virion. // Biophys. J. – 2021. – Vol. 120. – N. 6. – P. 1097–1104.
  17. Yao, H., Song, Y., Chen, Y., Wu, N., Xu, J., Sun, C., Zhang, J., Weng, T., Zhang, Z., Wu, Z., Cheng, L., Shi, D., Lu, X., Lei, J., Crispin, M., Shi, Y., Li, L., Li, S. Molecular architecture of the SARS-CoV-2 virus. // Cell. – 2020. – Vol. 183. – N. 3. – P. 730–738.
  18. Choi, Y. K., Cao, Y., Frank, M., Woo, H., Park, S. J., Yeom, M. S., Croll, T. I., Seok, C., Im, W. Structure, Dynamics, Receptor Binding, and Antibody Binding of the Fully Glycosylated Full-Length SARS-CoV-2 Spike Protein in a Viral Membrane. // J. Chem. Theory Comput. – 2021. – Vol. 17. – N. 4. – P. 2479–2487.

Первичные источники:


Производные моделей протеинов созданы на базе моделей со свободной лицензией (freely available for both non-commercial and commercial use).
Українська: Атомарна модель зовнішньої структури коронавірусу SARS-CoV-2. Кожен «кулька» — атом.
تاریخ
منبع

اثر شخصی. Scientific consultants:

Nikitin N.A., Doctor of Biological Sciences, Department of Virology, Faculty of Biology, Lomonosov Moscow State University.
Borisevich S.S. Candidate of Chemical Sciences, Specialist in Molecular Modeling of Viral Surface Proteins, Senior Researcher, Head of the "Quantum & Dynamics»,Laboratory of Chemical Physics, Ufa Institute of Chemistry RAS
Arkhipova V.I., specialization in Fundamental and Applied chemistry, senior engineer, RNA Chemistry Laboratory, Institute of chemical biology and fundamental medicine SB RAS
پدیدآور Alexey Solodovnikov (Idea, Producer, CG, Editor), Valeria Arkhipova (Scientific Сonsultant)
اجازه‌نامه
(استفادهٔ مجدد از این پرونده)

Published by N+1 a popular science online publication of Russia (https://nplus1.ru/), protein models are derivative works of the

free license site (freely available for both non-commercial and commercial use)
دیگر نسخه‌ها
  • animation
  • Conditional motion SARV-CoV-2 (animation)

Sources

Primary sources:

The following structures from open sources were used in the work, Protein Data Bank (https://www.rcsb.org):

Additional sources:

  1. Surya, W., Li, Y., Torres, J. Structural model of the SARS coronavirus E channel in LMPG micelles // Biochim. Biophys. Acta - Biomembr. – 2018. – Vol. 1860. – N. 6. – P. 1309–1317.
  2. Koppisetti, R. K., Fulcher, Y. G., Jurkevich, A., Prior, S. H., Xu, J., Lenoir, M., Overduin, M., Van Doren, S. R. Ambidextrous binding of cell and membrane bilayers by soluble matrix metalloproteinase-12 // Nat. Commun. – 2014. – Vol. 5. – P. 1–14.
  3. Hillen, H. S., Kokic, G., Farnung, L., Dienemann, C., Tegunov, D., Cramer, P. Structure of replicating SARS-CoV-2 polymerase // Nature. – 2020. – Vol. 584. – N. 7819. – P. 154–156.
  4. Harris, L. J., Larson, S. B., Hasel, K. W., McPherson, A. Refined structure of an intact IgG2a monoclonal antibody // Biochemistry. – 1997. – Vol. 36. – N. 7. – P. 1581–1597.
  5. Noreng, S., Bharadwaj, A., Posert, R., Yoshioka, C., Baconguis, I. Structure of the human epithelial sodium channel by cryo-electron microscopy // Elife. – 2018. – Vol. 7. – P. 1–23.
  6. Almond, A., DeAngelis, P. L., Blundell, C. D. Hyaluronan: The Local Solution Conformation Determined by NMR and Computer Modeling is Close to a Contracted Left-handed 4-Fold Helix // J. Mol. Biol. – 2006. – Vol. 358. – N. 5. – P. 1256–1269.
  7. Hurdiss, D. L., Drulyte, I., Lang, Y., Shamorkina, T. M., Pronker, M. F., van Kuppeveld, F. J. M., Snijder, J., de Groot, R. J. Cryo-EM structure of coronavirus-HKU1 haemagglutinin esterase reveals architectural changes arising from prolonged circulation in humans // Nat. Commun. – 2020. – Vol. 11. – N. 1. – P. 1–10.
  8. Yan, Renhong, Yuanyuan Zhang, Yaning Li, Lu Xia, Yingying Guo, Q. Z. Structural basis for the recognition of SARS-CoV-2 by full-length human ACE2 // Science (80-. ). – 2020. – Vol. 3. – N. 3. – P. 1–8.
  9. Javitt, G., Khmelnitsky, L., Albert, L., Bigman, L. S., Elad, N., Morgenstern, D., Ilani, T., Levy, Y., Diskin, R., Fass, D. Assembly Mechanism of Mucin and von Willebrand Factor Polymers // Cell. – 2020. – Vol. 183. – N. 3. – P. 717-729.e16.
  10. Daniel Wrapp, Nianshuang Wang, Kizzmekia S. Corbett, Jory A. Goldsmith, Ching-Lin Hsieh, Olubukola Abiona, B. S. G., McLellan, and J. S. Cryo-EM structure of the 2019-nCoV spike in the prefusion conformation // Science (80-. ). – 2020. – Vol. 21. – N. 1. – P. 1–9.
  11. Wang, M. Y., Zhao, R., Gao, L. J., Gao, X. F., Wang, D. P., Cao, J. M. SARS-CoV-2: Structure, Biology, and Structure-Based Therapeutics Development // Front. Cell. Infect. Microbiol. – 2020. – Vol. 10. – N. November. – P. 1–17. (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33324574/)
  12. Yao, H., Song, Y., Chen, Y., Wu, N., Xu, J., Sun, C., Zhang, J., Weng, T., Zhang, Z., Wu, Z., Cheng, L., Shi, D., Lu, X., Lei, J., Crispin, M., Shi, Y., Li, L., Li, S. Molecular Architecture of the SARS-CoV-2 Virus // Cell. – 2020. – Vol. 183. – N. 3. – P. 730-738.e13.
  13. Oostra, M., de Haan, C. A. M., de Groot, R. J., Rottier, P. J. M. Glycosylation of the Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus Triple-Spanning Membrane Proteins 3a and M // J. Virol. – 2006. – Vol. 80. – N. 5. – P. 2326–2336. (https://europepmc.org/article/MED/16474139)
  14. B.W. Neuman, M. J. B. Supramolecular Architecture of the Coronavirus Particle // Adv. Virus Res. – 2020. – Vol. 96. – P. 1–27 (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7112365/, https://europepmc.org/article/PMC/1563832)
  15. Neuman, B. W., Kiss, G., Kunding, A. H., Bhella, D., Baksh, M. F., Connelly, S., Droese, B., Klaus, J. P., Makino, S., Sawicki, S. G., Siddell, S. G., Stamou, D. G., Wilson, I. A., Kuhn, P., Buchmeier, M. J. A structural analysis of M protein in coronavirus assembly and morphology // J. Struct. Biol. – 2011. – Vol. 174. – N. 1. – P. 11–22. (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4486061/)
  16. Yu, A., Pak, A. J., He, P., Monje-Galvan, V., Casalino, L., Gaieb, Z., Dommer, A. C., Amaro, R. E., Voth, G. A. A multiscale coarse-grained model of the SARS-CoV-2 virion // Biophys. J. – 2021. – Vol. 120. – N. 6. – P. 1097–1104 (https://europepmc.org/article/PMC/PMC7695975, https://search.bvsalud.org/global-literature-on-novel-coronavirus-2019-ncov/resource/en/covidwho-947143)
  17. Yao, H., Song, Y., Chen, Y., Wu, N., Xu, J., Sun, C., Zhang, J., Weng, T., Zhang, Z., Wu, Z., Cheng, L., Shi, D., Lu, X., Lei, J., Crispin, M., Shi, Y., Li, L., Li, S. Molecular architecture of the SARS-CoV-2 virus // Cell. – 2020. – Vol. 183. – N. 3. – P. 730–738 (https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867420311594)
  18. Choi, Y. K., Cao, Y., Frank, M., Woo, H., Park, S. J., Yeom, M. S., Croll, T. I., Seok, C., Im, W. Structure, Dynamics, Receptor Binding, and Antibody Binding of the Fully Glycosylated Full-Length SARS-CoV-2 Spike Protein in a Viral Membrane // J. Chem. Theory Comput. – 2021. – Vol. 17. – N. 4. – P. 2479–2487 (https://www.researchgate.net/publication/349986293_Structure_Dynamics_Receptor_Binding_and_Antibody_Binding_of_the_Fully_Glycosylated_Full-Length_SARS-CoV-2_Spike_Protein_in_a_Viral_Membrane)

اجازه‌نامه

من، صاحب حقوق قانونی این اثر، به این وسیله این اثر را تحث اجازه‌نامهٔ ذیل منتشر می‌کنم:
w:fa:کرییتیو کامنز
انتساب انتشار مشابه
این پرونده تحت پروانهٔ Creative Commons Attribution-Share Alike 4.0 International منتشر شده است.
شما اجازه دارید:
  • برای به اشتراک گذاشتن – برای کپی، توزیع و انتقال اثر
  • تلفیق کردن – برای انطباق اثر
تحت شرایط زیر:
  • انتساب – شما باید اعتبار مربوطه را به دست آورید، پیوندی به مجوز ارائه دهید و نشان دهید که آیا تغییرات ایجاد شده‌اند یا خیر. شما ممکن است این کار را به هر روش منطقی انجام دهید، اما نه به هر شیوه‌ای که پیشنهاد می‌کند که مجوزدهنده از شما یا استفاده‌تان حمایت کند.
  • انتشار مشابه – اگر این اثر را تلفیق یا تبدیل می‌کنید، یا بر پایه‌ آن اثری دیگر خلق می‌کنید، می‌‌بایست مشارکت‌های خود را تحت مجوز یکسان یا مشابه با ا اصل آن توزیع کنید.

دستاوردها

نگاره of the year
نگاره of the year
نگاره of the day
نگاره of the day
Featured نگاره
Quality نگاره
Quality نگاره
Valued نگاره
Valued نگاره

انبار ویکی‌مدیا

این پرونده در نگارهٔ ۲۰۲۱ یک فینالیست بود.
این پرونده در سال 1 نگارهٔ روز بود.
این پرونده یک نگارهٔ برگزیده در ویکی‌انبار (Featured pictures) است و یکی از بهترین نگاره‌ها به شمار می‌رود.
این نگاره نگارهٔ باکیفیت است و شرایط راهنمای نگاره‌های باکیفیت را برآورده می‌کند.
این نگاره، معیارهای نگاره‌های ارزشمند را داراست و به‌ عنوان ارزشمندترین نگارهٔ ویکی‌انبار در مورد SARS-CoV-2 (Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2), coronavirus در نظر گرفته شده‌است.

اگر تصویری با کیفیت مشابه دارید که می‌توان آن را تحت مجوز حق‌تکثیر مناسب منتشر کرد حتماً بارگذاری‌اش کنید، برچسب حق‌تکثیر مناسب به آن بزنید و نامزدش کنید.

عنوان

شرحی یک‌خطی از محتوای این فایل اضافه کنید
Model of the coronavirus.

آیتم‌هایی که در این پرونده نمایش داده شده‌اند

توصیف‌ها

کرونای جدید

source of file انگلیسی

original creation by uploader انگلیسی

checksum انگلیسی

eb4db5448ad22fc4c229437fae4692de527c749d

روش ارزیابی: اس‌اچ‌ای-۱

حجم نرم‌افزار

۴٬۷۶۵٬۷۶۷ بایت

بلندی

۲٬۰۴۸ پیکسل

عرض

۲٬۰۴۸ پیکسل

تاریخچهٔ پرونده

روی تاریخ/زمان‌ها کلیک کنید تا نسخهٔ مربوط به آن هنگام را ببینید.

تاریخ/زمانبندانگشتیابعادکاربرتوضیح
کنونی‏۹ ژانویهٔ ۲۰۲۲، ساعت ۲۲:۱۷تصویر بندانگشتی از نسخهٔ مورخ ‏۹ ژانویهٔ ۲۰۲۲، ساعت ۲۲:۱۷۲٬۰۴۸ در ۲٬۰۴۸ (۴٫۵۴ مگابایت)Jul059Lossless file size reduction
‏۲۴ سپتامبر ۲۰۲۱، ساعت ۰۳:۵۸تصویر بندانگشتی از نسخهٔ مورخ ‏۲۴ سپتامبر ۲۰۲۱، ساعت ۰۳:۵۸۲٬۰۴۸ در ۲٬۰۴۸ (۴٫۶ مگابایت)Iketsilossless compression
‏۱۵ ژوئن ۲۰۲۱، ساعت ۱۶:۰۶تصویر بندانگشتی از نسخهٔ مورخ ‏۱۵ ژوئن ۲۰۲۱، ساعت ۱۶:۰۶۲٬۰۴۸ در ۲٬۰۴۸ (۵٫۳۴ مگابایت)AlexeySolodovnikovfix color bug
‏۱۳ ژوئن ۲۰۲۱، ساعت ۱۴:۲۸تصویر بندانگشتی از نسخهٔ مورخ ‏۱۳ ژوئن ۲۰۲۱، ساعت ۱۴:۲۸۲٬۰۴۸ در ۲٬۰۴۸ (۵٫۳۴ مگابایت)AlexeySolodovnikovМы обновили модель. В роли нашего научного консультанта выступил доктор биологических наук, специалист в области вирусологии, Никитин Н. А. и к.х.н специалист по молекулярному моделированию поверхностных вирусных белков Борисевич С.С. Под их руководством в модель были внесены следующие правки: Изменено количество S-белков с 90 до 38, количество M-белков было увеличено до 1000, а E-белков, как минорных компонентов мембраны, снижено до 15, HE-белок удалён. Также была принята во внимание шарни...
‏۱۷ مهٔ ۲۰۲۱، ساعت ۱۱:۰۶تصویر بندانگشتی از نسخهٔ مورخ ‏۱۷ مهٔ ۲۰۲۱، ساعت ۱۱:۰۶۲٬۰۴۸ در ۲٬۰۴۸ (۱۶٫۰۴ مگابایت)AlexeySolodovnikovadd alpha
‏۴ مهٔ ۲۰۲۱، ساعت ۱۸:۴۱تصویر بندانگشتی از نسخهٔ مورخ ‏۴ مهٔ ۲۰۲۱، ساعت ۱۸:۴۱۲٬۰۴۸ در ۲٬۰۴۸ (۱۶٫۰۴ مگابایت)AlexeySolodovnikovUploaded own work with UploadWizard

کاربرد سراسری پرونده

ویکی‌های دیگر زیر از این پرونده استفاده می‌کنند:

نمایش استفاده‌های سراسری از این پرونده.

برگرفته از «https://fa.wikipedia.org/wiki/پرونده:Coronavirus._SARS-CoV-2.png»