پی‌فم
پی‌فَـم (انگلیسی: Pfam) که در انگلیسی برگرفته از عبارت «Protein families» است، یک پایگاه داده از خانواده‌های پروتئین است که حاوی توصیف و توضیح‌نویسی و همچنین هم‌ترازسازی چند توالی است که با استفاده از مدل پنهان مارکوف ایجاد شده‌است.[۱][۲][۳] جدیدترین نسخهٔ پی‌فَـم، نسخهٔ ۳۳٫۱ است که در ماه مه ۲۰۲۰ میلادی به‌روزرسانی شد و ۱۸٬۲۵۹ خانوادهٔ پروتئینی را در بر می‌گیرد.[۴]
 | |
|---|---|
| محتوا | |
| توضیح | ارائهٔ هم‌ترازسازی‌ها و مدل‌های پنهان مارکوف برای دومِـین‌های پروتئین |
| گونه‌های داده‌های گرفته‌شده | خانواده‌های پروتئین |
| ارگانیسم‌ها | تمامی جانداران |
| تماس | |
| مرکز پژوهش | مؤسسهٔ بیوانفورماتیک اروپا |
| استناد ابتدایی | PMID 19920124 |
| دسترسی | |
| قالب داده‌ها | قالب استکهلم |
| وب‌گاه | pfam |
| نشانی اینترنتی دریافت | FTP 1 FTP 2 |
| گوناگون | |
| پروانه | گنو ال‌جی‌پی‌ال |
| نسخه | ۳۳٫۱ |
| نهادهای قابل بوکمارک | بله |
پژوهشگران با مراجعه به پی‌فَـم می‌توانند برای هر خانوادهٔ پروتئینی، این موارد را ببینند:
- توصیف هر خانوادهٔ پروتئینی
- مشاهدهٔ هم‌ترازسازی چند توالی
- دیدن ساختار دومین پروتئین
- بررسی توزیع گونه‌ای
- ردگیری و تعقیب پیوندها به سایر پایگاه‌های داده
- مشاهدهٔ ساختمان‌های شناخته‌شدهٔ پروتئین‌ها
جستارهای وابسته ویرایش
منابع ویرایش
- ↑ Finn RD, Tate J, Mistry J, Coggill PC, Sammut SJ, Hotz HR, Ceric G, Forslund K, Eddy SR, Sonnhammer EL, Bateman A (2008). "The Pfam protein families database". Nucleic Acids Res. 36 (Database issue): D281–8. doi:10.1093/nar/gkm960. PMC 2238907. PMID 18039703.
- ↑ Finn, R. D.; Mistry, J.; Schuster-Böckler, B.; Griffiths-Jones, S.; Hollich, V.; Lassmann, T.; Moxon, S.; Marshall, M.; Khanna, A.; Durbin, R.; Eddy, S. R.; Sonnhammer, E. L.; Bateman, A. (Jan 2006). "Pfam: clans, web tools and services" (Free full text). Nucleic Acids Research. 34 (Database issue): D247–D251. doi:10.1093/nar/gkj149. ISSN 0305-1048. PMC 1347511. PMID 16381856.
- ↑ Bateman, A.; Coin, L.; Durbin, R.; Finn, R. D.; Hollich, V.; Griffiths-Jones, S.; Khanna, A.; Marshall, M.; Moxon, S.; Sonnhammer, E. L.; Studholme, D. J.; Yeats, C.; Eddy, S. R. (2004). "The Pfam protein families database". Nucleic Acids Research. 32 (Database issue): 138D–1141. doi:10.1093/nar/gkh121. ISSN 0305-1048. PMC 308855. PMID 14681378.
- ↑ Finn, Rob; Mistry, Jaina (8 March 2017). "Pfam 31.0 is released". Xfam Blog. Retrieved 13 March 2017.
- مشارکت‌کنندگان ویکی‌پدیا. «Pfam». در دانشنامهٔ ویکی‌پدیای انگلیسی، بازبینی‌شده در ۸ ژانویه ۲۰۲۱.