پروتئین ها دارای چهار ساختار مختلف هستند. در ساختار اول که آرایشی از آمینواسید هاست محدودیتی در توالی تعداد و تکرار آمینواسید ها وجود ندارد . در ساختار اول فقط شاهد پیوند پپتیدی بین آمینواسید ها هستیم . در ساختار دوم که شروعی برای ایجاد تاخوردگی های بیشتر است ، ساختار های مارپیچی و صفحه‌ای نمایان می‌شوند . در این ساختار یعنی ساختار دوم ، شاهد اولین پیوندهای هیدروژنی در ساختار پرتویی هستیم . درساختار سوم گروه های آب‌گریز آمینواسیدها در یک مکان دورهم جمع شده تا در معرض آب قرار نگیرند و به همین علت پیوندهای هیدروژنی بیشتری برقرار شده و مجموعه‌ای از پیوندها باعت تثبیت نسبی پروتئین می‌شوند. ساختار سوم حاوی پیوند دی سولفیدی بین گروه های r آب‌گریز آمینواسیدها می‌باشد. برای یک پروتئین تک رشته‌ای ساختار سوم می‌تواند به عنوان ساختار نهایی باشد. ولی برای پروتئینی مثل پروتئین‌های مکمل ساختار بالاتری نیز هست به اسم ساختار چهارم که در آن‌جا دسته‌ای از پروتئین‌هایی که سه ساختار دارند جمع شده و باعث تشکیل یک پروتئین چند رشته‌ای کلفت می‌شوند .