سامانه جستجوی بانک ژنی دانشگاه کالیفرنیا، سانتا کروز

سامانه جستجوی بانک ژنی دانشگاه کالیفرنیا، سانتا کروز (انگلیسی: UCSC Genome Browser‎) یک مرورگر اینترنتی بَرخط و قابل بارگیری برای بانک ژنی انسان (ژنوم) است که توسط دانشگاه کالیفرنیا، سانتا کروز (UCSC) میزبانی می‌شود.[۲][۳][۴] این وبگاه برهم‌کنشی، اجازه دسترسی به توالی‌های ژنی مربوط به گونه‌های مختلفی از مهره‌داران، بی مهرگان و مدل‌اُرگانیسم‌ها را فراهم می‌آورد و گزارمان مرتبط به آنان را هم ارائه می‌نماید.

سامانه جستجوی بانک ژنی دانشگاه کالیفرنیا، سانتا کروز
Database.png
محتوا
توضیحمرورگر اینترنتی بانک ژنی، دانشگاه کالیفرنیا، سانتا کروز
تماس
مرکز پژوهشدانشگاه کالیفرنیا، سانتا کروز
آزمایشگاهمرکز علوم سلولی-مولکولی و مهندسی، دانشکدهٔ مهندسی بَـسکین
استناد ابتداییلی و همکاران. (2020)[۱]
دسترسی
وب‌گاهgenome.ucsc.edu

این سامانه در سال ۲۰۰۰ میلادی توسط دانشجویی به نام جیم کنت (استاد کنونی علوم کامپیوتر در دانشگاه کالیفرنیا، سانتا کروز) پایه‌گذاری و راه‌اندازی شد و بودجه آن توسط مؤسسه پزشکی هاورد هیوز و مؤسسه ملی تحقیقات ژنوم انسان (زیر مجموعه‌ای از مؤسسه ملی سلامت) تأمین می‌شود.

ژنومویرایش

 
بانک ژنی دانشگاه کالیفرنیا، سانتا کروز

از زمان راه‌اندازی تا کنون، این سامانه، توالی‌های ژنی تمامی مهره‌داران و برخی از بی‌مهرگان را (۴۶ گونه تا کنون) با جزئیات کافی ارائه می‌کند.[۵] جانورانی که ژنوم آنها به‌طور کامل در این سامانه ارائه می‌شود عبارتند از:

بانک ژنی
انسانیان انسان، عنتر دم‌کوتاه، شامپانزه کوتوله، شامپانزه معمولی، میمون درازدست، گوریل، اورانگوتان
نخستی‌سانان غیرانسانیان شب‌دوست، مارموزت، لمورهای موشی، میمون رزوس، خزمیمون، شبگردان هندی، حشره‌خواران درختی
پستانداران غیر نخستی‌ها موش خانگی، آلپاکا، آرمادیلو، گربه، همستر کوتوله چینی، گاو، سگ، دلفین، فیل، راسوی اهلی، خوکچه هندی، جوجه‌تیغی، اسب، خرموش کانگورویی، گاو دریایی، نهنگ بزرگ‌باله‌ای کوچک، موش صحرایی برهنه، صاریغ، پاندا، خوک، خرگوش بی‌دم، نوک‌اردکی، خرگوش، موش صحرایی، خرگوش کوهی صخره، گوسفند، حشره‌خوار، تنبل، سنجاب، شیطان تاسمانی، تیغ‌پشت، والابی، کرگدن سفید
طنابداران غیرپستاندار الیگاتور آمریکایی، روغن‌ماهی اطلسی، مرغ عشق، مرغ، تهی‌خار، شبح‌کوسهٔ استرالیایی، بادبادک‌ماهی، مکنده‌ماهی، مارمولک، ماهی برنج ژاپنی، سهره زمینی میان‌جثه، تیلاپیای نیل، لاک‌پشت نقش‌دار، ماهی آبنوس، تترادون، بوقلمون، قورباغه پنجه‌دار غربی، فنچ راه‌راه، گورخرماهی
بی‌مهرگان گونه‌های کرم‌های کانورابتیدیس (۵)، گونه‌های مگس سرکه (۱۱)، زنبور عسل، نیزک، پشه، کِـرم پی. پاسیفیکوس، خرگوش دریایی، کوزه‌داران، توتیای دریایی، مخمر
ویروس‌ها ویروس ابولا، کروناویروس سندرم حاد تنفسی ۲

جستارهای وابستهویرایش

منابعویرایش

  1. Lee, CM; Barber, GP; Casper, J; Clawson, H; Diekhans, M; Gonzalez, JN; Hinrichs, A; Lee, BT; Nassar, LR; Powell, CC; Raney, BJ; Rosenbloom, KR; Schmelter, D; Speir, ML; Zweig, AS; Haussler, D; Haeussler, M; Kuhn, RM; Kent, WJ (8 January 2020). "UCSC Genome Browser enters 20th year". Nucleic Acids Research. 48 (D1): D756–D761. doi:10.1093/nar/gkz1012. PMC 7145642 Check |pmc= value (help). PMID 31691824.
  2. Fujita PA, Rhead B, Zweig AS, Hinrichs AS, Karolchik D, Cline MS, Goldman M, Barber GP, Clawson H, Coelho A, Diekhans M, Dreszer TR, Giardine BM, Harte RA, Hillman-Jackson J, Hsu F, Kirkup V, Kuhn RM, Learned K, Li CH, Meyer LR, Pohl A, Raney BJ, Rosenbloom KR, Smith KE, Haussler D, Kent WJ (Jan 2011). "The UCSC Genome Browser database: update 2011". Nucleic Acids Res. 39 (Database issue): D876–82. doi:10.1093/nar/gkq963. PMC 3242726. PMID 20959295.
  3. Kent WJ, Sugnet CW, Furey TS, Roskin KM, Pringle TH, Zahler AM, Haussler D (June 2002). "The human genome browser at UCSC". Genome Res. 12 (6): 996–1006. doi:10.1101/gr.229102. PMC 186604. PMID 12045153.
  4. Kuhn, R. M.; Karolchik, D.; Zweig, A. S.; Wang, T.; Smith, K. E.; Rosenbloom, K. R.; Rhead, B.; Raney, B. J.; Pohl, A.; Pheasant, M.; Meyer, L. (2009-01-01). "The UCSC Genome Browser Database: update 2009". Nucleic Acids Research. 37 (Database): D755–D761. doi:10.1093/nar/gkn875. ISSN 0305-1048. PMC 2686463. PMID 18996895.
  5. "High-coverage" here means 6x coverage, or six times more total sequence than the size of the genome.

پیوند به بیرونویرایش