[[دینامیک مولکولی شکلی از شبیه سازی کامپیوتری است که در ان اتمها و مولکولها اجازه دارند برای یک دوره از زمان تحت قوانین شناخته شده فیزیک باهم برهم کنش کنند و چشم اندازی از حرکت اتمها بدهدبدهند. از آنجائیکه سیستمهای مولکولی عموما شامل تعداد زیادی از ذرات هستند این امکان پذیر نیست که ویژگیهای سیستمهای پیچیده را بطور تحلیلی بدست آوریم. شبیه سازی دینامیک مولکولی این مساله را با بکار بردن روش محاسباتی حل می کند. این روش یک تداخلواسطه بین تجربیات آزمایشگاهی و نظریه ایجاد می کند و به عنوان یک آزمایش مجازی در نظر گرفته می شود. دینامیک مولکولی روابط بین ساختار مولکولها،مولکولها ، حرکت ومولکولهاو تابعتوابع مولکولی را بررسی می کند. دینامیک مولکولی یک روش نظممنظم دهنده چندگانه است. قوانین و نظریه های آن از ریاضیات ٬ فیزیک و شیمی بدست می آید و الگوریتمهاییالگوریتم هایی را از علم کامپیوتررایانه و نظریه اطلاعات بکار می بریمبرد.ایندینامیک بطورمولکولی اصلیابتدا در فیزیک نظری در دهه 1950 استفاده شد. اما امروزه بیشتر در علم مواد و بیومولکولزیست مولکول بکار می رود. قبل از اینکه امکان شبیه سازی دینامیک مولکولی با کارایانه مپیوترهاها بوجود بیاید عده ای کار سخت آزمایش کردن آن بوسیله مدلهای فیزیکی مانند کارهایکره های ماکروسکوپیک را متعهد شدند. ایده این بود که انها را طبقه بندیمرتب کنند تا ویژگیهای مایع را تکرار کند. آقای برنال در سال 1962 گفت من تعدادی از توپهای پلاستیکی در نظر می گیرم و آنها را با میله هایی در مخدوده طول 2.75 تا 4 اینچ بهم می چسبانم و سعی می کنم در اولین محلی که امکانش هست در محل کارم انجام دهم و حدود هر 5 دقیقه مختل کنم و ان کاری را که قبلا انجام داده ام به یاد نیاورم. اما خوشبختانه امروز کامپیوترهارایانه ها مسیر قیدها را حفظ میکنند. ]]
