[[استان بخارا|منطقه بخارا]] یا [[بخارا|شهر بخارا]] یکی از چندین سکونت گاهسکونتگاه بزرگی بوده، که در دهانه [[رود زرافشان]] در [[سغد باستان]] پدید آمده اند. از آنجایی که هیچ گواهی از رسیدن این رود به [[جیحون]] در دوره تاریخی موجود نیست، این فرض منطقی خواهد بود که در هزاره اول پیش از میلاد، آبیاری با استفاده از آب رود، امکان پدید آمدن جمعیتی رو به رشد و گسترشش در مناطق قابل زراعت واحه را ایجاد کرده است. در زمان [[اسکندر کبیر | اسکندر]] هیچ گزارشی از وجود شهری در این نواحی موجود نیست و دربارهدر باره تاریخ بخارا پیش از [[سده ۵ (میلادی)|سده ۵]] و [[سده ۴ (میلادی)|سده ۴]] نمی تواننمیتوان نظری داد، همان زمان تخمین زده شده برای قدیمیقدیمیترین ترین سکه هایسکههای یافت شده در بخارا که نوشته هاینوشتههای بومی [[سغدی بخارایی]] با [[الفبای آرامی]] دارند.