پس از مرگوفات سید[http://www.imam-khomeini.ir/fa/c20553/زندگی_نامه/تولد_تا_رحلت/تولد_تا_رحلت/ روح‌اللهامام خمینی،خمینی(س)]، [[http://www.imam-khomeini.ir/fa/c20642/منتسبین/سید_احمد_خمینی/سید_احمد_خمینی/ سید احمد خمینی]] فرزندش سرپرستی موسسه را عهده‌دار شد و پس از مرگرحلت او، [[http://www.imam-khomeini.ir/fa/c2733/منتسبین/سید_حسن_خمینی/سید_حسن/ سید حسن خمینی]] تولیت آن را بر عهده گرفت. سرپرستی موسسه در حال حاضر با [[محمدعلی انصاری]] است.<br />
