در آغاز سدهٔ شانزدهم میلادی، ازبکان کوچرو به منطقه حمله کرده، آن را اشغال نمودند و سختگیریهای دینی را آغازیدند. حقوق آنان پایمال شد و شماری نیز ناچار به پذیرش اسلام شدند. در هنگام فرمانروایی ازبکان آنان رنجهای فراوانی را تاب آوردند. آنان ناگزیر از پوشیدن جامههای سیاه و زرد (عسلی) شدند تا از مسلمانان جدا نمایانده شوند.
پیرامون سال ۱۶۲۰ میلادی، نخستین کنیسه در شهر بخارا ساخته شد. این کار بر خلاف قانون خلیفهٔ دوم عمر بود که ساخت کنیسههای تازه را ناروا میدانست در حالی که ویران کردن کنیسههایی نیز ناروا میکرد که پیش از اسلام ساخته شده بودند را نیز ناروا میکرد. موردی نیز هست که خلیفه عمر دستور ویرانی مسجدی را داده است که غیرقانونی بر روی ملک یهودیان ساخته شده بود، داده استبود. پیش از ساخت کنیسه، یهودیان جایگاهی مشترک در مسجد مسلمانان داشتند. این مسجد، [[مغاک عطاری (عطاران)]] نامیده میشد. برخی میگویند که یهودیان و مسلمانان در کنار هم در جایی یگانه و همزمان نیایش میکردند. برخی از سرچشمهها میگویند که یهودیان پس از مسلمانان نیایش میکردند. هزینهٔ نخستین کنیسهٔ یهودیان را دو تن پرداختند: نادر دیوان بیگی یکی از بزرگان سرشناس و بیوهای گمنام که او را فرد بلندپایهٔ تیزهوشی گزارش کردهاند.
در گذر سدهٔ هژدهم، یهودیان بخارایی با برتریجوییها و آزارهای شایان توجهی روبهرورو بهرو شدند. مراکز آنان از کار باز ماند و آنان برای تغییر دین زیر فشار قرار گرفتند. شمار آنان آشکارا کاسته شد تا جایی که کم و بیش از میان رفتند. فشار برای اسلامآوری، آزارها و جدا کردن آنان از دیگر یهودیان جهان مایهٔ ناآگاهی آنان از آموزههای دین یهود گردید. آنها تنها ۳ کتاب از ۵ کتاب تورات را در دست داشتند و عبری نیز نمیدانستند.
در میانهٔ سدهٔ هژدهم، بیشتر یهودیان بخارایی در امارت بخارا میزیستند.