بر أساس پیگیری ها از شورای عالی حوزه علمیه، با توجه به استقلال حوزه علمیه أصفهان، و با توجه به آیین نامه ها و قوانین، بخصوص با توجه به تذکرات داده شده در ارتباط با اسناد و مدارک لازم، چنانچه اختلاسی صورت گرفته باشد، مسئولیت آن بر عهده‌ی مدیریت حوزه علمیه أصفهان و امین مالی آن حوزه است، که باید نسبت به بودجه دریافتی پاسخگو باشند.
یکی از روحانیون حوزه علمیه در ارتباط با این موضوع اظهار کرد؛ با توجه به وضعیت مالی حوزه علمیه أصفهان احتیاط این است که وجوهات و کمکهای مردمی مستقیما به حساب رهبری وجوهات واریز گردد.
در روزهای پایانی سال ۱۳۹۲ خبرنگاران تلاش کردند با مدیر مالی حوزه گفتگو کنند، اما مسئول دفتر ایشان اعلام کرد که مدیر مالی و حسابداری (معاونت مالی حوزه علمیه اصفهان) به مسافرت زیارتی رفته اند، و تا پایان تعطیلات نوروز نیز باز نمی گردند. با توجه به حجم گسترده مراجعات به بخش مالی مراکز در پایان سال، و اینکه بخش مالی مراکز در پایان سال پر مشغله ترین و بیشترین کارها و مسئولیتها را عهده دار است، و با توجه به نقش محوری و غیر قابل واگذاری مدیران مالی در پایان سال، مسافرت مدیر مالی بعید به نظر میرسد، احتمالا مسافرت ایشان عنوانی برای فرار از پاسخگویی است.
== تاریخچه ==
حوزه علمیه اصفهان از ابتدا تا کنون چهار دوره را پشت سر گذاشته است. دوره اول در زمان [[آل بویه]] است که بزرگانی چون [[ابن‌سینا]] و [[ابوریحان بیرونی]] در این حوزه به تدریس می‌پرداخته اند. دوره دوم در عصر [[سلجوقیان]] است که در آن مدارس این حوزه علمیه گسترش فراوانی یافت. دوره سوم در عصر [[صفویان]] است که با توجه به انتقال پایتخت به اصفهان و نیز توجه خاص شاهان صفوی، این حوزه علمیه به اوج رونق خود رسید. دوره چهارم نیز از پایان عصر صفوی تا عصر حاضر است که در این زمان توجه به علوم دینی کمتر شد و پس از انتقال مرکز تشیع از اصفهان به قم، حوزه اصفهان رونق کمتری یافت.
در دوره فعلی: با مهاجرت حضرت [[آیت‌الله العظمی]] مظاهری به عنوان ریاست و زعامت حوزه علمیه در سال ۷۶ هجری شمسی که با توصیه ی مقام معظم رهبری به اصفهان صورت گرفت و مدیریت حضرت آیت‌الله طباطبایی نِژاد از سال ۸۴ هجری شمسی ، مجدداً حوزه علمیه استان اصفهان به عنوان یک حوزه علمیه مستقل در کشور رونق چشمگیری گرفت و پس از ایجاد مرکز مدیریت حوزه علمیه استان اصفهان به تعدادبیش از 35 مدرسه علمیه در استان تحت پوشش مرکز مدیریت می باشد و فقط در شهرستان اصفهان روزانه بیش از ۵۰ حلقه درس خارج وجود دارد
