| chamber1_image_alt =
| membership1 = [[فهرست نمایندگان دوره ششم مجلس شورای اسلامی|۲۹۰ نماینده]]
| control1 = [[اصلاحطلباناصلاحطلبان ایران|اصلاح طلبان]]
| chamber1_leader1_type = [[رئیس مجلس شورای اسلامی|رئیس مجلس]]
| chamber1_leader1 = [[مهدی کروبی]]
=== هیئترئیسهٔ موقت ===
در دومین جلسه مجلس در ۱۰ [[خرداد]] ۱۳۷۹ هیئترئیسهٔ موقت انتخاب شدند. در این رایگیری [[مهدی کروبی]] با ۱۸۶ رای مثبت و ۶۳ رای ممتنع رییسمجلسرییس مجلس شد و [[مجید انصاری]] با ۱۴۶ رای مثبت و [[ابوالقاسم سرحدیزاده]] با ۸۵ رای مثبت نیز نایبرییس اول و دوم شده؛ [[سهیلا جلودارزاده]]، ناصر خالقی ، [[محمد قمی]]، [[علی شکوری راد]]، [[اسماعیل جبارزاده]]، [[جلال جلالیزاده]] منشیان؛ تابش، [[سید حسین هاشمی]]، سازگارنژاد نیز کارپردازان موقت شدند.
تصمیم برای انتخاب [[کروبی]] به عنوان رییس مجلس ناشی از مصلحت سنجی و هماهنگی قبلی [[بهزاد نبوی]] و برای کاهش تنش در روابط مجلس ششم با [[جناح راست جمهوری اسلامی ایران|جناح راست]] و رهبری نظام بود.{{مدرک}}
جناح راست [[محمد میرمحمدی]] نمایندهٔ [[قم]] را کاندید ریاست مجلس کرد که با کسب ۸۰ رای ناکام ماند در عین حال تعداد نمایندگان نزدیک به این جناح در همین حدود ارزیابی شد.
همزمان با برگزاری جلسهءجلسه دوم مجلس، "انجمنهای صنفی کارفرمایی ایران" و "کانون عالی شوراهای اسلامی کار" (دو نهاد کارفرمایی و کارگری ایران) در بیانیهای که از مذاکرات خود منتشر ساختند از تصمیم [[مجلس پنجم]] در اصلاح [[قانون کار]] و خارج کردن کارگاههای کمتر از پنج نفر از شمول این قانون اعتراض کرده و خواستار اصلاح آن در مجلس ششم شدند.{{مدرک}}
همچنین طی روزهای بعد مهدی کروبی با جضورحضور در بیمارستان از [[عبدالله نوری]] ([[وزیر کشور]] [[استیضاح|استیضاحشدهٔاستیضاح شده]] خاتمی و مدیرمسئول [[روزنامه خرداد]] که در طی دوران زندان بیمار و به بیمارستان منتقل شده بود)، عیادت کرد. گرچه [[عبدالله نوری]] با ممانعت [[شورای نگهبان]] نتوانست در انتخابات حضور یابد، اما برادر وی که در روزهای آخر ثبت نام کرد با اقبال عمومی مواجه شد.{{مدرک}} کروبی وعدهٔ رایزنی با [[سید علی خامنهای]] و آزادی [[عبدالله نوری]] را داد، که هیچگاه محقق نشد.{{مدرک}}
== هیئترئیسهٔ دایم ==
هیئترییسهٔهیئت رییسه دایم مجلس هماهنگی بیشتری با خواست افکار عمومی و نتیجه انتخابات داشت. گرچه کروبی همچنان به ریاست رسید، اما [[بهزاد نبوی]] (از سازمان مجاهدین انقلاب) و [[محمدرضا خاتمی]] از جبهه مشارکت نایبرییس اول و دوم رییس انتخاب شدند. ۲۴۸ نماینده در رای گیری حضور داشتند.<ref name="مشروح جلسات مجلس شورای اسلامی، دوره ششم، جلسه پنجم">{{یادکرد وب | اثر=کتابخانه، موزه و مرکز اسناد مجلس شورای اسلامی | عنوان=انتخاب هیئت رئیسه دائم مجلس شورای اسلامی | نشانی=http://www.ical.ir/index.php?option=com_mashrooh&view=session&id=2592&page=51346&Itemid=38 | تاریخ بازبینی=۰۹ اوت ۲۰۱۳}}</ref>
{| class="wikitable"
|-
درحالی که نمایندگان از [[مصونیت قضایی]] برخوردار بودند '''برای نخستین بار''' در دورهٔ [[هاشمی شاهرودی]] این مصونیت برداشته شد.
[[حسین لقمانیان]] نمایندهٔ [[همدان]] دستگیر و به [[زندان اوین]] فرستاده شد تا دوره ده ساله حبس خود را طی کند. این اقدام که برخلاف اصل ۸۴ و ۸۶ [[قانون اساسی]] بود و «مصونیت پارلمانی نمایندگان» را «نقض» می کرد،با واکنش شدید و معترضانه ی نمایندگان مجلس ششم و دولت محمد خاتمی،احزاب و فعالان سیاسی - اجتماعی رو به رو شد. سرانجام پس از بیست روز از زندانی شدن لقمانیان،واکنش شدید [[مهدی کروبی]]، رییس مجلس ششم،قوه قضاییه را مجبور به آزادی حسین لقمانیان کرد.<ref>[http://www.aftabnews.ir/vdccpiq2bpq1s.html آفتاب - لقمانیان احضار شد<!-- عنوان تصحیح شده توسط ربات -->]</ref>[[مهدی کروبی]] از پشت تریبون مجلس اعلام کرد که اگر قوه قضائیه لقمانیان را آزاد نکند، او از ریاست مجلس استعفا می دهد. پس از این سخنان، مهدی کروبی مجلس را ترک و به منزل خود رفت و گفت تا زمانی که این نماینده مجلس و دیگر نمایندگان مصونیت نداشته باشند، پا به مجلس نمیگذارد. ساعتی پس از این اعتراض مدنی که از سوی کروبی انجام شد،سرانجام بادرخواستبا درخواست [[هاشمی شاهرودی|شاهرودی]] و موافقت [[سید علی خامنهای]] حسین لقمانیان آزاد شد.<ref>[http://www.magiran.com/npview.asp?ID=1855501 روزنامه اعتماد ملي88/2/20: حسينحسین لقمانيان رئيسرئیس ستاد استان همدان<!-- عنوان تصحیح شده توسط ربات -->]</ref> لقمانیان در شهریور ۱۳۸۴ بار دیگر از سوی شعبه ی هفتم بازپرسی دادسرای کارکنان دولت احضار شد.<ref>[http://www.aftabnews.ir/vdccpiq2bpq1s.html آفتاب - لقمانیان احضار شد<!-- عنوان تصحیح شده توسط ربات -->]</ref>
=== اصلاح قانون مطبوعات ===
"
آنچه ما را بر آن داشت تا بدین صورت مصدع اوقات شویم حساسیت شرایط، فرصت اندک و بزرگی خطریست که پیش روی کشور است و با کمال تأسف نجواهای خیرخواهانه و پیشنهادهای آرام و مکتوم ما در سالهای گذشته ره به جایی نبرده است پس اجازه دهید بر مبنای وظیفه شرعی و قانونی خود و تعهد و مسؤولیتی که در برابر خدا و مردم داریم، آنچه را به خیر و صلاح همه میدانیم با حضرتعالی، که بر اساس قانون اساسی _ یعنی میثاق ملی همه ما _ شخص اول کشور هستید در میان بگذاریم، به آن امید که این خیرخواهی منشاء آثار و برکات برای نظام باشد ... هنوز فضای سیاسی کشور را در سال از یاد نبرده ایم که به دلایل گوناگون در عرصه سیاست خارجی، ایران در انزوای کامل و حتی کشور در معرض تهدید نظامی خارجی قرار داشت و متأسفانه وضعیت انفعال بر فضای سیاسی کشور حاکم بود اما دوم خرداد همه این تهدیدها را از بین برد ... اما هنوز دو سال از این نعمت بزرگ الهی نگذشته بود که جریانهایی که تا مدتی در بهت و حیرت ناشی از رأی مردم در دوم خرداد به سر میبردند، با برنامهای حساب شده، برای فرصت سوزی و شکست آنچه اصلاحات نام گرفته و در برنامه رئیس جمهور تجلی یافته بود، به منظور بازگرداندن اوضاع به وضعیت قبل از دوم خرداد ، فعال شدند سیاهه اقدامات تخریبی آنها طولانی و مکرر و اندوهباراندوهبار است و به قول آقای خاتمی هر روز یک بحران آفریدند از آن جمله است قتلهای زنجیرهای، جنایت کوی دانشگاه، تعطیلی مطبوعات و رسانهها، دستگیری فعالان سیاسی، سرکوب دانشجویان و دانشگاهیان، اجرای علنی احکام قضایی بسیار کم سابقه، خنثی کردن تصمیمات مجلس و دولت و انتقال قدرت از آنها به نهادهایی مانند شورای نگهبان، مجمع تشخیص مصلحت، شورای انقلاب فرهنگی و حتی برتری دادن اساسنامه کمیته امداد و آئیننامه فروش وسائل اسقاطی نیروی انتظامی بر قوانین مصوب مجلس! بی اختیار و بیاراده کردن مدیران و مسؤولان اجرایی با پروندهسازیها، مچگیریهامچگیریها و تبلیغات سیاه، برخورد با نهادهای مستقل مدنی مانند احزاب، کانون وکلا، سازمانهای علمی و پژوهشی و مؤسسات فرهنگی و نتیجه خواسته و ناخواسته این همه ، جز این نبود که به مردم ایران و جهان نشان داده شود در ایران هیچ تغییری اتفاق نیفتاده و نخواهد افتاد و ثابت شود رأی مردمی که خواست اصلی آنها تغییر در روشها و بینشها بوده است، هیچ اثری ندارد و اعلام گردد که نهادهای مظهر اراده ملت قدرتی ندارند و آشکار شود که نهادهایی که باید کانون حل منازعه و مظهر حاکمیت ملی و جایگاه اجماع و وحدت ملی باشند، به دست تندترین نیروهای مخالف اصلاحات سپرده میشود، تا در نهایت رأی مردم بلاموضوع گردد ...اگر جام زهری باید نوشید قبل از آنکه کیان نظام و مهمتر از آن، استقلال و تمامیت ارضی کشور در مخاطره قرار گیرد باید نوشیده شود و بی تردید این برخورد خردمندانه و متواضعانه، از سوی ملت با همان پاداشی مواجه می شود که امام عزیز راحل روبرو شد "
این نامه که به نامهٔ «جام زهر» معروف شدهاست اشاره به سخن نمایندگان دارد که گفتند اگر جام زهری باید نوشید بشود (آیتالله خمینی هنگام پذیرش قطعنامهٔ پایان جنگ از این عبارت استفاده کردبود).