تروجان‌ها از کانال‌های Covert برای ارتباط استفاده می‌کنند. بعضی از تروجان‌های کلاینت از کانال‌های Covert برای ارسال دستورالعمل به عنصر سرور در سیستم به خطر افتاده می‌کنند؛ که این سبب می‌شود که ارتباطات تروجان به سختی رمزگشایی و درک شود.<ref>CEH: Official Certified Ethical Hacker Review Guide: Exam 312-50</ref>
== استفاده کنونی ==
شرکت امنیتی پاندا در گزارش تازه خود که به بررسی وضع امنیت سایبر در سال ۲۰۱۱ اختصاص دارد، تصویر کاملی از تحولات مرتبط با امنیت در [[فضای مجازی]] ارایه کرده است. نکته مهمی که در این گزارش به چشم می‌خورد، افزایش دامنه فعالیت تروجان‌های مخرب است، به گونه‌ای که از میان انواع بدافزارها شامل ویروس، کرم، تروجان و... این تروجان‌های نفوذگر هستند که بخش عمده تهدیدات سایبری را به خود اختصاص داده‌اند.
در بخشی از این گزارش که به بررسی آلودگی‌های بدافزاری اختصاص دارد، آمار مفصلی درباره دسته‌بندی تهدیدات سایبری ارایه شده است. بر همین اساس در حالی که در سال ۲۰۰۹، ۶۰ درصد از کل بدافزارها را تروجان‌ها تشکیل می‌دادند، این رقم در سال ۲۰۱۰ به ۵۶ درصد کاهش یافته، اما در سال ۲۰۱۱ با رشدی حیرت‌انگیز به ۷۳درصد رسیده است.<ref>http://www.khabaronline.ir/detail/198727/</ref>
