حائری در ۱۲۹۳ [[خورشیدی]] هنگامی که دامنه آشوبهای ضد انگلیس در بینالنهرین به شهر کربلا نیز کشیده شده به دعوت مردم [[سلطان آباد]] (نام اولیه و سابق شهر [[اراک]]) به [[ایران]] بازگشت و تا سال ۱۳۰۱ خورشیدی که به [[قم]] رفت در حوزه علمیه [[سلطان آباد]] بود. وی به مدّت هشت سال در این حوزه تدریس کرد و در کنار مسؤولیت مرجعیت از پرورش استعدادهای طلاب جوان نیز غافل نبود.
=== تأسیس حوزه علمیه قم ===
[[حسین خمینی]] (نوه [[عبدالکریم حائری]] و [[روحالله خمینی]]) در اینباره میگوید: جارچی فلکزدهای که قصد داشت از قرآنسوزی در آتشسوزی مسجد جلوگیری کند، به قرآنسوزی و [[بهایی]] بودن متهم میشود. حکومت، اعدام او را منوط به دریافت حکم از سوی علمای شهر میکند. مجلس بزرگی از علمای شهر جمع میشوند و اولین روحانی حکم مجازات را امضا میکند و سپس روحانیان دیگر تا زمانی که نوبت به حاج شیخ عبدالکریم برسد. او اما از امضا خودداری میکند و میگوید صدور این حکم حجت شرعی ندارد. این احتیاط پرهیزکارانه شیخ با طعنه مواجه میشود که «حاج شیخ هم بعله...» حاج شیخ دلش میگیرد و از اراک قصد زیارت مشهد میکند و سر راه از قم میگذرد. در قم به او اصرار میکنند که در شهر بماند و حوزه قم را احیا کند. شیخ پیشنهاد را رد میکند اما در بازگشت از مشهد علمای قم بار دیگر این پیشنهاد را تکرار میکنند و به یاد حاج شیخ میآورند روایات منسوب به امام زمان را که در آخرالزمان علم از قم طلوع میکند و به شیخ وعده یاری میدهند؛ و سرانجام شیخ عبدالکریم حائری در قم میماند و حوزه آن را احیا میکند.<ref>[http://www.shahrvandemrouz.com/content/3991/default.aspx شهروند امروز]</ref>