[[تصویر:Diapositive1.jpg|left|thumb|نمونه ای از ساختار مولکولی یک کریستال مایع ستونی ]]
مولکولهایی که کریستالهای مایع ستونی را بوجود میآورند معمولا از یک هسته با ساختار حلقوی ([http://fa.wikipedia.org/wiki/پیوند_آروماتیک آروماتیک]) تشکیل میشوند که صفتسفت و مسطح است و شکل دیسک مانند دارد. [http://en.wikipedia.org/wiki/Aliphatic_compound زنجیرههای که شامل ساختارهای آروماتیک نیستند] و انعطاف پذیر هستند توسط گروههای دو قطبی مانند اکسیژن٫ اتر٫ استر و... به هسته آروماتیک چسبیدهاند. هسته آروماتیک خصوصیات کریستالی را بوجود میآورد و زنجیرههای انعطاف پذیر چربی خصوصیات مایع مانند را ایجاد میکنند. هسته آروماتیک و گروه دو قطبی خصوصیات پایهای مولکول مانند باند غیرمجاز انرژی و در نتیجه گیرنده یا دهنده بودن مولکول را مشخصی میکنند. زنجیرههای چربی دمایی که در آن کریستال مایع بوجود میآید تعیین میکنند.
در شکل روبرو واحد دیسک مانند همراه با مولکولی که آن را درست میکند نشان داده شدهاست.