در طبقات زیرین تپه گنج دره آثار انسان‌هایی دیده می‌شود که از آنها ابزار سنگی مانند تبر سنگی که بدون دسته بوده و در دست برای دفاع یا حمله جای می‌گرفته، و تبرهای سنگی که دستةدسته چوبی داشته و با الیاف طبیعی آن را به دسته‌اش می‌پیچیده‌اند، و پیکان‌های سنگی که خود نشانه‌ای از این بوده‌است که با [[تیر و کمان]] آشنایی داشته‌اند، و بسیاری دیگر از ابزار سنگی که جای چاقو یا [[تیغ]] یا وسایل کوبیدن و خرد کردن غلات یا چیزهایی دیگر پیدا شده، ولی آثار ساختمانی در این طبقه از تپه که مستقیماً با خاک بکر مجاور است به دست نیامده‌است. شاید این انسانها در آن زمان زیر بوته‌هایی از شاخه‌های درخت که ممکن است روی آن را با گل می‌پوشانده‌اند زندگی می‌کرده‌اند و این آثار در نتیجةنتیجه ساختمان‌هایی که نسلهای بعد از آنها در آن مکان به وجود آورده‌اند از بین رفته‌است. از ظروف سفالین هیچ اثری در این دوران به دست نیامده‌است.<ref name="بهنام، عیسی">بهنام، عیسی: کاوش‌های گنج‌دره. در: مجله «هنر و مردم». شهریور ۱۳۵۲ - شماره ۱۳۱. (از صفحه ۲ تا ۷). (متن در مالکیت عمومی به خاطر قدمت).</ref>
بلافاصله پس از این لایه یعنی در روی آن به طبقه‌ای برخورده‌اند که آثار ساختمانی یعنی قسمت پایین اتاق‌هایی پدیدار گشته‌است. دیوار این اتاقها با چیزی که نمی‌توان روی آن نام خشت نهاد ولی به هر حال مرکب از قطعات نامنظمی از گل بوده‌است که مالش یافته و روی آفتاب خشک شده‌است ترکیب یافته‌است. از روی این آثار به خوبی می‌توان دریافت که اتاق‌های کوچکی به صورت مربع نامنظم یا مستطیل ساخته بوده‌اند و در داخل آن اجاق‌ها و [[کندو|کندوهای]] متعدد وجود داشته و ظروف سفالینی در میان تمام این آثار پخش است. در این دوران که باید آن را در حدود اوایل هزارةهزاره نهم پیش از میلاد قرار داد کاملاً پیداست که انسان‌هایی که در حدود دو سده پیش در این مکان مستقر شده بودند تدریجاً به فن خانه‌سازی و [[سفال‌گری]] آشنایی پیدا کرده و از آتش استفادة زیاد می‌کرده‌اند چون تعداد کوره‌های یافت‌شده بسیار زیاد است.<ref name="بهنام، عیسی "/>
زندگی در تپةتپه گنج دره تدریجاً پیشرفت می‌کند و در آخر هزارةهزاره نهم پیش از میلاد ظروف سفالین را به کوره می‌برند و حتی روی آن نقوشی به وجود می‌آورده‌اند. شاید اتفاقاً به این مطلب برخورده‌اند که گل وقتی در مجاورت آتش در کنار اجاق‌هایشان قرار می‌گرفته سخت می‌شده و توانسته‌اند از این کشف برای ساختن ظروف گلین استفاده نمایند.<ref name="بهنام، عیسی "/>
در آخر این دوران شماری تندیس‌های کوچک [[الهه]] مادر که فاقد سر می‌باشند نیز در طبقات بالای تپةتپه گنج دره به دست آمده و این نشان دهندةدهنده این مطلب است که در آن دوره به مسائل مذهبی نیز اعتقاد پیدا کرده‌اند. این امری بسیار طبیعی است که در تمام نقاطی که در روزگاران کهن انسانها نشیمن گزیده‌اند آفریننده خود را به صورتی مجسم نموده‌اند و معمولاً ایزد مادر که به وجود آورندةآورنده تمام نیازهای بشر است بیش از دیگر خدایان مورد توجه آنها قرار گرفته‌است.<ref name="بهنام، عیسی "/>
در این دوره از تاریخ انسانها در تپة گنج دره اهلی کردن حیوان‌ها نیز آغاز شده‌است. اگر چه مدارک زیاد در این مورد در دست نیست ولی پروفسور «اسمیت» روی خشت‌های نامنظمی که در ساختمان دیوارها به کار رفته جای پای متعدد از بز را مشاهده کرده‌اند و چنین نتیجه گرفته‌اند که بدون شک وقتی این خشت‌ها را برای خشک‌شدن روی آفتاب قرار داده بودند بزهایی که [[اهلی]] شده بوده‌اند از روی آن رد شده‌اند و رفت‌وآمد کرده‌اند و همین اثر نشانةنشانه این است که در آن زمان انسان‌های گنج دره [[بز]] را اهلی کرده بودند. بنابر کاشف گنج دره احتمالاً هنوز گوسفند اهلی نشده بوده‌است ولی آنرا شکار می‌کرده‌اند و از گوشت آن استفاده می‌نموده‌اند.<ref name="بهنام، عیسی "/>
