مراد ثقفی روز چهارشنبه ۲۵ اسفند ۱۳۹۵ در خانه‌اش در تهران بازداشت شد. گزارشی رسمی از اتهام او و یا نهاد مسئول بازداشت او منتشر نشد. اما چند روز پیش او در جلسه‌ای از مدیریت شهر تهران انتقاد کرده و دربارهٔ شهرداری تهران گفته بود: "«قدرت در دست یک نفر است آن هم در دست شهردار، بدون کنترل است و می‌تواند منافع ملی را نادیده بگیرد چنانچه امروز هم نادیده می‌گیرند."» او گفته بود شکل اداره تهران به فساد مالی، و به "«خصوصی‌سازی و استبداد "» منجر شده و "«باید افرادی به شورای شهر بروند که نماد مبارزه با فساد گسترده هستند."»<ref name=":0">{{یادکرد وب|نویسنده=|کد زبان=|تاریخ=۲۶ اسفند ۹۵|وب‌گاه=بی‌بی‌سی فارسی|نشانی=http://www.bbc.com/persian/iran-39292949|عنوان=مراد ثقفی، روزنامه‌نگار و فعال مدنی بازداشت شد}}</ref>
