اساس کار ''تفسیر المیزان،المیزان''، به حکم «إن القرآن یفسر بعضه بعضاً»<ref>ترجمه: همانا برخی از آیات قرآن، روشنگر برخی دیگر است؛ این معنا در شعر [[مولوی]] هم آمده: «معنی قرآن ز قرآن پرس و بس» ([[مثنوی معنوی]]، دفتر پنجم، بیت ۳۱۲۸)؛ همچنین جملاتی نزدیک به این مضمون در خطبهٔ ۱۳۱ [[نهجالبلاغه]] آمدهاست.</ref>، بر قاعدهٔ «تفسیر قرآن به قرآن» است. بدین معنا که معیار اول برای تفسیر قرآن، خود قرآن است؛ در جایی که آیات محکم قرآنی میتواند دیگر آیات دشوار و متشابه را تفسیر و تبیین نماید، اسباب نزول، آراء مفسران و روایات منقول در درجهٔ دوم اعتبار قرار میگیرد. علامه طباطبایی معتقد است، وقتی قرآن مدعی است که «تبیاناً لکل شیء»<ref>سوره نحل، آیه ۸۸.</ref> (روشنگر هر چیز) است، چطور ممکن است برای بیان مقاصد خود محتاج به غیر خود باشد. هیچ مطلب مبهمی در قرآن وجود ندارد تا مجبور باشیم قرآن را به کمک غیر قرآن بشناسیم؛ بلکه قرآن را باید به خود قرآن شناخت همانگونه که نور را باید با نور دید.<ref>شمسالوحی تبریزی (سیرهٔ عملی علامه طباطبایی). آیتالله جوادی آملی، نشر اسراء، قم: ۱۳۸۶، ص ۹۶.</ref> علامه طباطبایی در بخشی از مقدمهٔ المیزان مینویسد: {{نقل قول|قرآن خود را تبیان کل شی ء میداند؛ آنوقت چگونه ممکن است که «بیان» خودش نباشد! قرآن خود را هدایت مردم و بیناتی از هدی، و جدا سازندهٔ حق از باطل معرفی نموده، میفرماید: «هدی للناس، و بینات من الهدی و الفرقان»<ref>سوره البقره، آیه ۱۸۵.</ref>، آنوقت چطور ممکن است هدایت، بینه، فرقان و نور مردم در تمامی حوائج زندگیشان باشد، ولی در ضروریترین حاجتشان که فهم خود قرآن است، نه هدایت باشد، و نه تبیان، و نه فرمان، و نه نور؟! قرآن به تمامی افرادی که در راه خدا مجاهدت میکنند مژده داده که ایشان را به راههای خود هدایت میکند، و فرموده: «و الذین جاهدوا فینا لنهدینهم سبلنا»<ref>سوره عنکبوت، آیه ۶۹.</ref>، آنوقت در مهمترین جهادشان که همانا فهم کلام پروردگارشان است، ایشان را هدایت نکند و به فرضیات علمی احاله کند؟<ref>ترجمه تفسیر المیزان. ترجمه موسوی همدانی، دفتر انتشارات اسلامی، قم: ۱۳۸۲، جلد ۱، ص ۱۸.</ref>
}}
در این روش مؤلف ابتدا مجموعهٔ چند آیه از یک سوره را که سیاق واحدی دارد، ذکر میکند و به بیان مفردات، وجوه اشتقاق و مباحث لغوی میپردازد؛ سپس در بخش «بیان آیات»، به تفکیک هر آیه، کار تفسیر و تبیین مفاهیم را پی میگیرد و اینجاست که ـ عنداللزوم ـ به نقل و نقد آراء مفسرین بزرگ اعم از شیعه یا سنی وارد میشود؛ در پایان نیز، بخشی را با عنوان «بحث روایتی» به بررسی و نقد روایات فریقین درخصوص آیات مورد نظر اختصاص میدهد. همچنین مؤلف کتاب در خلال تفسیر، به تناسب موضوع، مباحثی تحلیلی ـ توصیفی با رویکردهای فلسفی، اجتماعی، تاریخی و یا علمی مطرح میکند که منحیثالمجموع، تتمهای بر تفسیر آیات است. با توجه به اندیشهٔ فلسفی علامه طباطبایی، تفسیر وی بر قرآن بیشتر رویکردی فلسفی مییابد اگر چه میکوشد تا از چارچوب قرآن و دایرهٔ دلالتهای لفظی و معنایی آیات گامی فراتر نگذارد. او با دقت نظر و تسلط شگفتی که بر قرآن دارد، بارها و در جایجای المیزان، با قرار دادن آیات همسیاق در کنار یکدیگر، ضمن اقامهٔ دلایل عقلی و استشهاد به براهین قرآنی به تبیین مفاهیم و ذکر مصادیق آیات میپردازد. تفسیر المیزان به جهت انصاف علمی، اتقان روش و دقت مضامین، از سوی عامه و خاصه در ایران و [[جهان اسلام]] همواره محل توجه و اقبال بودهاست.[[پرونده:Ayatollah Ghazi Near 50 Year Old.jpg|بندانگشتی|150px|آیتالله [[سیدعلی قاضی]] استاد علامه طباطبایی]]