بر اساس گزارش [[سازمان دیده‌بان حقوق بشر]] که در سال ۲۰۰۵ منتشر شد، پورمحمدی به دلیل عضویت در هیئت ۳چهار نفرهنفره‌ی [[کشتار سال ۶۷|اعدام سراسری ۳۸۰۰ زندانی سیاسی]] موسوم به «هیئت مرگ»، به جنایت علیه بشریت متهم شده است. (وی در آن زمان سمت معاونت وزارت اطلاعات را بر عهده داشت) همچنین وی متهم شد در قتل روشنفکران و روزنامه‌نگاران منتقد [[حکومت جمهوری اسلامی ایران|حکومت ایران]] موسوم به قتل‌های زنجیره‌ای ایفای نقش کرده است. در گزارش سازمان دیده‌بان حقوق بشر، تمام این قبیل اقدامات فراقانونی و با برنامه‌ریزی برشمرده شده است.<ref>{{یادکرد وب |نام خانوادگی=بهزادی |نام=شاهرخ |عنوان=بیانیه سازمان‌های حقوق بشری دربارهٔ نقش پورمحمدی در کشتار جمعی مخالفان |نشانی=http://www.persian.rfi.fr/بیانیه-سازمان-های-حقوق-بشری-در-باره-نقش-پور-محمدی-در-کشتار-جمعی-مخالفان-20130808/ایران |اثر=وب‌گاه |تاریخ=۸ اوت ۲۰۱۳ |ناشر=[[رادیو بین‌المللی فرانسه]]}}</ref>
پورمحمدی در سال ۱۳۹۲ این امر را تکذیب نمود و گفت: «اینکه من در دهه ۶۰ لیستی از اعدامی ها را نزد آیت الله منتظری برده‌ام و ایشان مخالفت کرده‌اند قطعا دروغ است، من در وزارت اطلاعات یک روز پست امنیتی نداشتم... بنابراین درگیر اعدام‌ها نبودم.» با این حال پس از انتشار نوار آیت الله منتظری از جلسه ای که وی نیز در آن حضور دارد و صحبت می گند در اظهار نظر دیگری گفت: «ما افتخار می کنیم که دستور خدا را در رابطه با منافقین اجرا کردیم»
