همگذاری ازسرنو ترانسکریپتوم: تفاوت میان نسخه‌ها

محتوای حذف‌شده محتوای افزوده‌شده

درخط

نسخهٔ ‏۱۳ اوت ۲۰۱۷، ساعت ۲۱:۵۰

همگذار از‌سر‌نو ترانسکریپتوم، یک روش همگذاری دنباله‌ی de novo یا از‌سر‌نو، برای ساخت رشته‌ی ترانسکریپتومیکس بدون کمک گرفتن از ژنوم مرجع است.

مقدمه

به دنبال توسعه‌ی تکنولوژی‌های جدید برای توالی‌یابی، در سال‌های 2008 تا 2012 کاهش شدیدی در هزینه‌ی توالی‌یابی اتفاق افتاد. هزینه‌ی تعیین توالی به ازای هر مگاباز (megabase) و ژنوم به ترتیب به 1/100,000 و 1/10,000 هزینه‌ی قبلی، کاهش پیدا کرد.^[۱] مهم‌تر، این بود که تنها ترانسکریپتوم مربوط به جاندارانی که در حوزه‌ی تحقیقات علمی بیشتر مورد توجه و جالب بودند و امکانات برای آن‌ها فراهم تر بود توالی‌یابی می‌شدند. با این‌حال، این تکنولوژی‌های تازه توسعه یافته‌ی نسل بعدی (یا تکنولوژی با توان عملکردی بالا) از نظر هزینه و نیروی کاری بهینه‌تر هستند و تعداد موجوداتی که از این روش‌ها مطالعه می‌شوند در حال گسترش است.^[۲] برای نمونه ترانسکریپتوم موجوداتی مانند نخود^[۳]، پلاناریا (Planarian)^[۴] و پارائیالا هاواییس^[۵] و همینطور دنباله‌ی مغز موجوداتی شامل تمساح نیل، مار ذرت و لاک‌پشت گوش‌قرمز ساخته شده است.^[۶]

منابع

↑ Wetterstrand KA. "DNA Sequencing Costs: Data from the NHGRI Large-Scale Genome Sequencing Program Available at: www.genome.gov/sequencingcosts". Genome.gov.
↑ Surget-Groba Y, Montoya-Burgos JI (2010). "Optimization of de novo transcriptome assembly from next-generation sequencing data". Genome Res. 20 (10): 1432–1440. PMC 2945192 Freely accessible. PMID 20693479. doi:10.1101/gr.103846.109.
↑ Garg R, Patel RK, Tyagi AK, Jain M (2011). "De novo assembly of chickpea transcriptome using short reads for gene discovery and marker identification". DNA Res. 18 (1): 53–63. PMC 3041503 Freely accessible. PMID 21217129. doi:10.1093/dnares/dsq028.
↑ Adamidi C; et al. (2011). "De novo assembly and validation of planaria transcriptome by massive parallel sequencing and shotgun proteomics". Genome Res. 21 (7): 1193–1200. PMC 3129261 Freely accessible. PMID 21536722. doi:10.1101/gr.113779.110.
↑ Zeng V; et al. (2011). "De novo assembly and characterization of a maternal and developmental transcriptome for the emerging model crustacean Parhyale hawaiensis" (PDF). BMC Genomics. 12: 581. PMC 3282834 Freely accessible. PMID 22118449. doi:10.1186/1471-2164-12-581
↑ Tzika AC; et al. (2011). "Reptilian transcriptome v1.0, a glimpse in the brain transcriptome of five divergent Sauropsida lineages and the phylogenetic position of turtles" (PDF). EvoDevo. 2 (1): 19. PMC 3192992 Freely accessible. PMID 21943375. doi:10.1186/2041-9139-2-19.

[1] Wetterstrand KA. "DNA Sequencing Costs: Data from the NHGRI Large-Scale Genome Sequencing Program Available at: www.genome.gov/sequencingcosts". Genome.gov.

[2] Surget-Groba Y, Montoya-Burgos JI (2010). "Optimization of de novo transcriptome assembly from next-generation sequencing data". Genome Res. 20 (10): 1432–1440. PMC 2945192 Freely accessible. PMID 20693479. doi:10.1101/gr.103846.109.

[3] Garg R, Patel RK, Tyagi AK, Jain M (2011). "De novo assembly of chickpea transcriptome using short reads for gene discovery and marker identification". DNA Res. 18 (1): 53–63. PMC 3041503 Freely accessible. PMID 21217129. doi:10.1093/dnares/dsq028.

[4] Adamidi C; et al. (2011). "De novo assembly and validation of planaria transcriptome by massive parallel sequencing and shotgun proteomics". Genome Res. 21 (7): 1193–1200. PMC 3129261 Freely accessible. PMID 21536722. doi:10.1101/gr.113779.110.

[5] Zeng V; et al. (2011). "De novo assembly and characterization of a maternal and developmental transcriptome for the emerging model crustacean Parhyale hawaiensis" (PDF). BMC Genomics. 12: 581. PMC 3282834 Freely accessible. PMID 22118449. doi:10.1186/1471-2164-12-581

[6] Tzika AC; et al. (2011). "Reptilian transcriptome v1.0, a glimpse in the brain transcriptome of five divergent Sauropsida lineages and the phylogenetic position of turtles" (PDF). EvoDevo. 2 (1): 19. PMC 3192992 Freely accessible. PMID 21943375. doi:10.1186/2041-9139-2-19.

[۱]

[۲]

[۳]

[۴]

[۵]

[۶]