تاشدگی پروتئین: تفاوت میان نسخه‌ها

پروتیین‌ها در اثر تا خوردگی شکل فضایی را ایجاد می‌کنند که دارای کمترین انرژی است. وقتی پروتئین تا می‌خورد پیوندهای ضعیف غیر کوالانسی به تثبیت تا خوردگی کمک می‌کنند. این پیوندها عبارتند از: [[پیوند یونی]]، [[پیوند هیدروژنی]]، برهمکنش‌های [[واندروالس]] و نیروهای آب گریز.

همانطور که گفته شد زنجیره جانبی متصل به اسیدهای آمینه می‌توانند قطبی یا غیر قطبی باشند. وقتی پروتئین در آب سیتوزولی قرار می‌گیرد زنجیره‌های جانبی آب گریز تمایل دارند بصورت یک مجموعه در درون مولکول پروتئین قرار بگیرند تا حد اقل تماس با مولکولهای قطبی آب را داشته باشند و اثر تضعیف کننده آنها بر پیوندهای هیدروژنی آب حد اقل باشد. از طرف دیگر زنجیره‌های جانبی ای که قطبی هستند تمایل دارند که در روی سطح مولکول پروتئین قرار بگیرند و با مولکول‌های آب و یا سایر مولکولها پیوند هیدروژنی ایجاد کنند. بنابراین خاصیت

آب گریزی زنجیره‌های جانبی در تعیین شکل پروتئین نقش اساسی دارد.

در اثر تا خوردن پروتئین‌ها شکل نهایی پیدا می‌کنند که یکتا و دارای کمینه انرژی است. تمامی اطلاعات لازم برای تا خوردن پروتئین در توالی اسیدهای آمینه آن تهفته‌است. زیرا این توالی منحصربه‌فرد محل قرارگیری زنجیره‌ای جانبی را تعیین کرده وشکل نهایی پروتئین را تعیین می‌کنند.

در فرایند تا خوردن، پروتئین مسیرهایی را از نظر سطح انرژی طی می‌کند. در ابتدا پروتئین یک رشتهٔ فاقدساختار مشخص با انتروپی بالاست. ضمن فرایند تا خوردن اتم‌های ستون فقرات پروتئینی با ایجاد انواع پیوندهای مناسب یا نا مناسب با سایر اتم‌های ستون فقرات پروتئینی ویا زنجیره جانبی باعث تغییر در سطح انرژی پروتئین می‌شوند.

فرایند تا خوردن که درآن پروتئین از حالت تا نخورده به حالت نهایی می‌رسد را می‌توان از دیدگاه آماری بررسی نمود. می‌توان به جای یک پروتئین که فرایند تا خوردن را با تعداد زیادی پیکربندی ممکن از نظر انرژی تجربه می‌کند یک مجموعه از همه پیکر بندی‌های ممکن انرژی در نظر گرفت و تعداد حالت‌هایی که در آن انرژی مقدار خاصی است را بدست آورد و برای سیستم [[آنتروپی]] را محاسبه نمود و به این ترتیب [[انرژی آزاد گیبس]] را به دست آورد. حالت نهایی سیستم در کمینه انرژی اتفاق می‌افتد.

بررسی سیستم از نظر اماری به ما این امکان را می‌دهد که فرایند تا خوردن را با جزئیات شبیه سازی کنیم و این فرایند را بهتر بشناسیم.