تغییرات

همزمان با برگزاری افتتاحیه، [[اکبر هاشمی رفسنجانی]] (رئیس [[مجمع تشخیص مصلحت نظام]]) که در شمارش رای‌ها توسط [[شورای نگهبان]] نفر آخر شد و با رایی پایینی از [[تهران]] به مجلس راه یافته بود کناره گرفت.<ref>{{یادکرد وب |نام خانوادگی= |نام= |عنوان=آمار جالب مشارکت و رتبه اول‌های تهران: از رکورد هاشمی تا ...… |نشانی=http://www.asriran.com/fa/news/203666/آمار-جالب-مشارکت-و-رتبه-اول-های-تهران-از-رکورد-هاشمی-تا- |بازبینی= |اثر= |تاریخ= |ناشر=عصرایران |نشانی بایگانی= |تاریخ بایگانی= |کد زبان=}}</ref>

با تشکیل کارگروه بررسی اعتبارنامهٔ نمایندگان، از میان ۲۵۷ نماینده به اعتبارنامهٔ ۱۸ نفر مورد اعتراض قرار گرفت. اکثر این افراد از [[جناح راست جمهوری اسلامی ایران|نمایندگان جناح راست]] بودند که به مجلس راه یافته بودند. از جمله این افراد [[غلامعلی حدادعادل]] بود. بیش از ۱۲۰ نماینده اصلاح‌طلب اعتراض خود را به اعتبارنامهٔ [[غلامعلی حدادعادل]] که در پی ابطال ۵۳۴ صندوق توسط شورای نگهبان، نهایتاً از رتبه ۳۳ تهران به رتبهٔ ۲۸ ارتقا پیدا کرد و در میان سی نماینده تهران به مجلس راه یافت. در شهریور ۱۳۹۶ مصطفی تاج زاده رییسرئیس وقت ستاد انتخابات با افشای برخی اتفاقات و کارشکنی‌های شورای نگهبان که تا به‌حال از آنان سخن نگفته بود از جزئیات نحوه حذف علیرضا رجایی و جایگزینی حدادعادل می‌گوید و تصریح می‌کند که رییسرئیس بخش کامپیوتری شورای نگهبان مستقیمامستقیماً به او خبر داده استداده‌است که تحت فشار قرار گرفته استگرفته‌است تا اشتباه شورای نگهبان از تاییدتأیید صلاحیت علیرضا رجایی را با ابطال بیش از ۵۰۰ صندوق جبران نمایند.<ref name="افشاگری تاج زاده از تقلب جنتی در انتخابات مجلس ششم">{{یادکرد وب | اثر=سایت کلمه | نشانی=http://www.kaleme.com/1396/06/12/klm-262285/ | تاریخ بازبینی=۰۷ سپتامبر ۲۰۱۷}}</ref>

در پی [[توقیف فله‌ای مطبوعات]] در سال ۱۳۷۹, اصلاح طلبان که به پیروزی بزرگی در انتخابات مجلس ششم دست یافته بودند، تلاش کردند تا با ارائه طرح اصلاح قانون مطبوعات (که در ماه‌های پایانی عمر مجلس پنجم تغییر و محدودیت‌های بیشتری را برای مطبوعات وضع کرده بود) مجدداً فضای رسانه‌ای کشور را به آزادی نسبی ایجاد شده پس از دوم خرداد باز گردانندبازگردانند. در این هنگام نامه از سوی [[آیت الله خامنه ای]] به [[مهدی کروبی]] فرستاده شد که در آن رهبری طرح تهیه شده در مجلس برای اصلاح قانون مطبوعات را به صلاح کشور ندانست. مهدی کروبی با استناد به این نامه طرح اصلاح قانون مطبوعات را از دستور کار مجلس خارج کرد و بدین ترتیب جلوی بررسی و اظهار نظر نمایندگان در مورد این طرح را گرفت که این امر موجب وقوع اعتراضات و درگیری هاییدرگیری‌هایی در صحن مجلس شد.<ref>[http://www.asriran.com/fa/news/1035/%D9%BE%D8%B4%D8%AAپشت-%D9%BE%D8%B1%D8%AF%D9%87پرده-%D9%85%D8%A7%D8%AC%D8%B1%D8%A7%D9%8Aماجراي-%D8%B7%D8%B1%D8%ADطرح-%D8%A7%D8%B5%D9%84%D8%A7%D8%ADاصلاح-%D9%82%D8%A7%D9%86%D9%88%D9%86قانون-%D9%85%D8%B7%D8%A8%D9%88%D8%B9%D8%A7%D8%AAمطبوعات]</ref>

پس از آن [[احمد جنتی]] دبیر شورای نگهبان طی نامه ای از این اقدام مهدی کروبی تقدیر کرد و آن را نشانه ولایت مداری ایشان دانست. رسانه هایرسانه‌های حکومتی از نامه آیت الله خامنه ای به مجلس به عنوان [[حکم حکومتی]] یاد کردند و این اصطلاح از آن تاریخ در ادبیات رسمی جمهوری اسلامی وارد شد.

آنچه ما را بر آن داشت تا بدین صورت مصدع اوقات شویم حساسیت شرایط، فرصت اندک و بزرگی خطریست که پیش روی کشور است و با کمال تأسف نجواهای خیرخواهانه و پیشنهادهای آرام و مکتوم ما در سال‌های گذشته ره به جایی نبرده استنبرده‌است پس اجازه دهید بر مبنای وظیفه شرعی و قانونی خود و تعهد و مسؤولیتی که در برابر خدا و مردم داریم، آنچه را به خیر و صلاح همه می‌دانیم با حضرتعالی، که بر اساس قانون اساسی _ یعنی میثاق ملی همه ما _ شخص اول کشور هستید در میان بگذاریم، به آن امید که این خیرخواهی منشاءمنشأ آثار و برکات برای نظام باشد ...… هنوز فضای سیاسی کشور را در سال از یاد نبرده‌ایم که به دلایل گوناگون در عرصه سیاست خارجی، ایران در انزوای کامل و حتی کشور در معرض تهدید نظامی خارجی قرار داشت و متأسفانه وضعیت انفعال بر فضای سیاسی کشور حاکم بود اما دوم خرداد همه این تهدیدها را از بین برد ...… اما هنوز دو سال از این نعمت بزرگ الهی نگذشته بود که جریانهایی که تا مدتی در بهت و حیرت ناشی از رأی مردم در دوم خرداد به سر می‌بردند، با برنامه‌ای حساب شده، برای فرصت سوزی و شکست آنچه اصلاحات نام گرفته و در برنامه رئیس جمهور تجلی یافته بود، به منظور بازگرداندن اوضاع به وضعیت قبل از دوم خرداد، فعال شدند سیاهه اقدامات تخریبی آنها طولانی و مکرر و اندوه‌بار است و به قول آقای خاتمی هر روز یک بحران آفریدند از آن جمله است قتل‌های زنجیره‌ای، جنایت کوی دانشگاه، تعطیلی مطبوعات و رسانه‌ها، دستگیری فعالان سیاسی، سرکوب دانشجویان و دانشگاهیان، اجرای علنی احکام قضایی بسیار کم سابقه، خنثی کردن تصمیمات مجلس و دولت و انتقال قدرت از آنها به نهادهایی مانند شورای نگهبان، مجمع تشخیص مصلحت، شورای انقلاب فرهنگی و حتی برتری دادن اساسنامه کمیته امداد و آئین‌نامه فروش وسائل اسقاطی نیروی انتظامی بر قوانین مصوب مجلس! بی‌اختیار و بی‌اراده کردن مدیران و مسؤولان اجرایی با پرونده‌سازی‌ها، مچگیری‌ها و تبلیغات سیاه، برخورد با نهادهای مستقل مدنی مانند احزاب، کانون وکلا، سازمان‌های علمی و پژوهشی و مؤسسات فرهنگی و نتیجه خواسته و ناخواسته این همه، جز این نبود که به مردم ایران و جهان نشان داده شود در ایران هیچ تغییری اتفاق نیفتاده و نخواهد افتاد و ثابت شود رأی مردمی که خواست اصلی آنها تغییر در روش‌ها و بینش‌ها بوده است،بوده‌است، هیچ اثری ندارد و اعلام گردد که نهادهای مظهر اراده ملت قدرتی ندارند و آشکار شود که نهادهایی که باید کانون حل منازعه و مظهر حاکمیت ملی و جایگاه اجماع و وحدت ملی باشند، به دست تندترین نیروهای مخالف اصلاحات سپرده می‌شود، تا در نهایت رأی مردم بلاموضوع گردد ...… اگر جام زهری باید نوشید قبل از آنکه کیان نظام و مهمتر از آن، استقلال و تمامیت ارضی کشور در مخاطره قرار گیرد باید نوشیده شود و بی تردید این برخورد خردمندانه و متواضعانه، از سوی ملت با همان پاداشی مواجه می‌شود که امام عزیز راحل روبرو شد "

درپی رویدادهای مجلس و برخوردها و رفتارهای نمایندگان، هنگام [[انتخابات]] [[مجلس هفتم]] [[شورای نگهبان]] با اعمال [[نظارت استصوابی]] حدود نیمی از نامزدان را به دلیل نداشتن پایبندی عملی به [[اسلام]] یا ثابت نشدن این پایبندی برای شورای نگهبان ردصلاحیت کرد. در میان ردصلاحیت شدگان، جمع زیادی از نمایندگان [[اصلاح‌طلب]] مجلس ششم بودند. ۱۳۹ نماینده، در اعتراض به ردصلاحیت‌ها در ساخمان مجلس بست نشستند. فرجام ایشان با بی‌اثر ماندن اعتراض‌ها و برگزاری [[انتخابات]] [[مجلس هفتم (جمهوری اسلامی)|مجلس هفتم]] سر موعد مقرر، [[استعفا]] دادند.<ref>[http://www.bbc.co.uk/persian/iran/story/2004/02/040201_a_mps_resignation.shtml اسامی نمایندگانی که استعفا داده‌اند] '' (بی‌بی‌سی فارسی)

{{گفتاورد | کسانی هستند که با هماهنگی دولت و مجلس مخالف اند. از اول هم همین‌طور شعار دادند که این‌ها یکدست کردند؛ با این که کسی در این یکدستی تأثیری نداشت. ملت این کار را کرده بود و این‌طور انتخاب کرده بود؛ رئیس‌جمهور را آن‌طور، نمایندگان را هم این‌طور. | سید علی خامنه‌ای|<ref>{{یادکرد وب | عنوان=دیدار نمایندگان هفتمین دوره مجلس شورای اسلامی |تاریخ=۸ خرداد ۱۳۸۶|ناشر=پایگاه اطلاع‌رسانی دفتر مقام معظم رهبری|نشانی=http://www.leader.ir/fa/content/3048/%D8%AF%DB%8C%D8%AF%D8%A7%D8%B1دیدار-%D8%B1%D8%A6%DB%8C%D8%B3رئیس-%D9%88و-%D9%86%D9%85%D8%A7%DB%8C%D9%86%D8%AF%DA%AF%D8%A7%D9%86نمایندگان-%D9%85%D8%AC%D9%84%D8%B3مجلس-%D8%B4%D9%88%D8%B1%D8%A7%DB%8Cشورای-%D8%A7%D8%B3%D9%84%D8%A7%D9%85%DB%8C اسلامی}}</ref>}}

طبق اظهارات جواد منصوری اولین فرمانده [[سپاه پاسداران]] تلاش هاییتلاش‌هایی برای ادغام سپاه در ارتش در طی مجلس ششم اتفاق افتاد و تلاش شد تا این موضوع به رای گذاشته شود اما تغییر حزب حاکم مجلس باعث توقف این روند شد.<ref>{{یادکرد خبر | نشانی=http://www.jahannews.com/news/501446/%d8%a8%d8%b1%d8%ae%db%8cبرخی-%d9%be%db%8cپی-%d8%a7%d9%86%d8%ad%d9%84%d8%a7%d9%84انحلال-%d8%b3%d9%be%d8%a7%d9%87سپاه-%da%af%d8%a7%d9%85گام-%d8%a8%d8%b1%d8%af%d8%a7%d8%b4%d8%aa%d9%86%d8%afبرداشتند | عنوان=برخی در پی انحلال سپاه گام برداشتند}}</ref>