پس از چاپ مقاله «فداییان جهل» توسط رضا خجسته رحیمی در اندیشه پویا، فرج سرکوهی پاسخ بلندی به این نشریه نوشت که اندیشه پویا حاضر به انتشار آن نشد اما در یک حرکت عجیب و غیرحرفهای پاسخ خودش را به سرکوهی منتشر کرد! مقالهی سرکوهی ناچار در وب سایت های خارج از کشور منتشر شد و در آن از یکجانبه نگاری این مجله نسبت به چپ ایران انتقاد کرد و دست اندرکاران این مجلات را فرهنگی کاران امنیتی خواند. وی در مقالهای با نام «کین نامه راست مدرن اسلامی - کالبد شکافی فرهنگی کاران امنیتی» در اخبار روز، مهرنامه و این نشریه را با نام کپی مهرنامه نقد کرده و عمده مطالب آن را شامل شاخصههای تیپی که «فرهنگی کاران امنیتی» مینامد خواند. از جمله این شاخصها: انتشار اطلاعات نادرست، جعل، تحریف، دروغ و ضد اطلاعات به عنوان دادهها و اطلاعات مستند برای انتقال پیامهای سیاسی؛ دوگانه سازی خیر مطلق ـ شر مطلق؛ نگاه ایدئولوژیک و مکتبی؛ قربانی کردن معیارهای حرفهای؛روشنفکر ستیزی؛ تخریب میراث روشنفکری مستقل؛ تبلیغِ گفتمانهای غیر انتقادی؛ چپ ستیزی؛ زبان روائی ـ تصویری گزارشنویسی عامه پسند؛ شیرین نویسی؛ سرمقالههای روایتی؛ خودداری از انتشار پاسخها؛ به کار گرفتن تکنیکهای جنگ روانی و اطلاعاتی؛ تحریف تاریخ؛ هدفهای ثابت.
جمشید برزگر تحیلگر بی بی سی نیز در یک برنامه ی تلویزیونی با اشاره ی غیر مستقیم به اندیشه پویا گفت:«مطالب تاریخی شان را با ضمیر اول شخص می نویسند!»طوری که انگار نامه ی کشف شده ای از خود شخص است و تاریخی مسلّم! که به نظر می رسد منظور نوشته های جلال توکلیان باشد.
پس از انتشار گفت و گوی اندیشه پویا با دختر صادق خلخالی نیز سیل انتقادها به این مجله روانه شد که چرا گفت و گو با او چالشی تر نبوده و بیشتر مصاحبه را حجمی از«او چی سفارش داد و من چی سفارش دادم»گرفته؟
با وجود انتقادهای زیاد به مطالب اما اندیشه پویا حاضر به ایجاد یک دیالوگ در جامعه و انتشار انتقادها به مطالبش نیست.