کاظمینی بروجردی در سال ۱۳۸۵ به حکم [[دادگاه ویژه روحانیت]] و به اتهام ادعایمحاربه رابطهو بااقدام [[امامعلیه زمان|امامامنیت دوازدهمملی و ... شیعیان]] دستگیر شد.<ref name=ToolAutoGenRef3>[http://www.asriran.com/fa/news/4749/کاظمینی-بروجردی-شمشیر-به-دست-دستگیر-شد کاظمینی بروجردی شمشیر به دست دستگیر شد<!-- عنوان تصحیح شده توسط ربات -->]</ref> هواداران وی دستگیری را چنین شرح دادهاند:
{{نقل قول|با شروع دستگیری هواداران سید حسین کاظمینی بروجردی، توسط [[نیروی انتظامی]] و انتقال آنان به [[بازداشتگاه]]، شایعهخبر حمله قریبالوقوع نیروهای امنیتی به خانه وی در [[خیابان آزادی تهران]] بالاگرفت، به طوری که بسیاری از هواداران و همفکران وی با تجمع و حفاظت از خانه وی به طور خودجوش مانع از ادامه حملات [[نیروی انتظامی]] به خانه وی شدند.<ref name=ToolAutoGenRef4>[http://www.radiofarda.com/content/article/289659.html از طرفداران آیتالله کاظمینی بروجردی در زندان تحت فشار تعهد گرفته میشود: مصاحبه با یکی از بازداشت شدگان<!-- عنوان تصحیح شده توسط ربات -->]</ref><ref name=ToolAutoGenRef1/><ref>[http://www.boroujerdi.eu/europa/boroujerdi-Biographi.htm حسین کاظمینی بروجردی<!-- عنوان تصحیح شده توسط ربات -->]</ref><ref>[http://www.bamazadi.net/p/blog-page_11.html بام آزادی: بیوگرافی<!-- عنوان تصحیح شده توسط ربات -->]</ref><ref>[http://www.boroujerdi.eu/europa/boroujerdi-Nameha.htm آیتالله سید حسین کاظمینی بروجردی<!-- عنوان تصحیح شده توسط ربات -->]</ref><ref name=ToolAutoGenRef2>[http://www.radiofarda.com/content/article/289281.html کاظمینی بروجردی به همراه شماری از هوادارانش بازداشت شد<!-- عنوان تصحیح شده توسط ربات -->]</ref>}}
هواداران بروجردی که برای جلوگیری از حمله عوامل [[نیروی انتظامی]] به وی، بصورت شبانهروزی از منزل او حفاظت مینمودند. در پی بستن خیابانهای اطراف، نیروهای انتظامی و اطلاعاتی با هزاران تن از محافظان خانه وی درگیر شده و نهایتاً در روز شنبه ۱۵ مهر ۱۳۸۵ با بالا گرفتن درگیریها تعداد بسیار زیادی از محافظان وی دستگیر شدند.<ref name=ToolAutoGenRef4/>
وی در پیامی به هوادارانش در خیابان محل اقامتش گفت:
خط ۳۱:
[[عصر ایران|سایت عصر ایران]] دستگیری وی را چنین روایت کردهاست:
{{نقل قول|حادثه از آن جا آغاز شد که نیروهای پلیس برای دستگیری وی به محل سکونت او مراجعه کردند و با مقاومت بیش از هزار نفر از هواداران وی مواجه شدند تا جایی که این مواجهه به درگیریهای خشونت بار عوامل نظام همانند پرتاب [[کوکتل مولوتف]] و [[گاز اشک آور]] کشیده شد. حدود دو ماه قبل دادگاه ویژه روحانیت با ارسال احضاریهای سید محمد کاظمینی بروجردی را به اتهام ادعایتبلیغ رابطهعلیه بانظام [[امامو زمان]] (عج)...، جهت ادای پارهای از توضیحات فراخواند اما وی از حضور در دادگاه سر باز زد و تلاشهای پیشین پلیس برای دستگیری وی نیز بینتیجه ماند.<ref name=ToolAutoGenRef3/>}}