کاظمینی بروجردی در سال‌های ۱۳۷۴، ۱۳۷۹ و ۱۳۸۴ دستگیر و زندانی شده بود. وی بار دیگر در سال ۱۳۸۵ بازداشت و به ۱۱ سال زندان، به انضمام مصادره اموال محکوم شد. به گزارش رسانه‌ها، او در [[زندان اوین]] در شرایط بد جسمی و روحی به سر می‌برد و از حق استفاده از دارو، مرخصی و ملاقات محروم بود. این رسانه‌ها همچنین مدعیهستنداعلام میدارند که وی در زندان، بارها مورد شکنجه قرار گرفته و به بیمارستان منتقل شده‌است.<ref>[http://rahsanews.com/archives/36875 هجوم مأمورین به سلول کاظمینی بروجردی | رهسا نیوز<!-- عنوان تصحیح شده توسط ربات -->]</ref><ref>[http://hra-news.org/1389-01-27-05-27-21/10620-1.html هرانا؛ کاظمینی بروجردی به بیمارستان مدرس منتقل شد<!-- عنوان تصحیح شده توسط ربات -->]</ref><ref>[http://www.rahana.org/archives/20699 ممانعت از ملاقات خانواده حسین کاظمینی بروجردی با وی | رهانا | خانه حقوق بشر ایران<!-- عنوان تصحیح شده توسط ربات -->]</ref><ref>[http://www.rahesabz.net/story/45350/ جنبش راه سبز - سوء قصد نافرجام به جان کاظمینی بروجردی در زندان اوین<!-- عنوان تصحیح شده توسط ربات -->]</ref><ref>[http://www.rahesabz.net/story/43402/ جنبش راه سبز - عدم رسیدگی پزشکی به کاظمینی بروجردی، زندانی سیاسی<!-- عنوان تصحیح شده توسط ربات -->]</ref><ref>[http://www.rahana.org/archives/44457 جلوگیری از ملاقات کاظمینی بروجردی با خانواده | خانه حقوق بشر ایران<!-- عنوان تصحیح شده توسط ربات -->]</ref><ref>[http://www.radiofarda.com/content/F10_Kazemini_Boroujerdi_Family_Letter_to_Ban_Ki_Moon_UN/2166036.html خانواده کاظمینی از دبیرکل سازمان ملل درخواست کمک کرد<!-- عنوان تصحیح شده توسط ربات -->]</ref>
او، خانواده و حامیانش، بارها با نوشتن بیانیه و نامه‌هایی به [[دبیرکل سازمان ملل متحد]]، گزارشگر ویژه حقوق بشر [[احمد شهید]] و فعالان [[حقوق بشر]] خواستار حمایت از او و آزادیش از زندان شدند.<ref>[http://www.rahesabz.net/story/43854/ جنبش راه سبز - کمیسیون جهانی آزادی ادیان درآمریکا خواستار آزادی فوری کاظمینی بروجردی شد<!-- عنوان تصحیح شده توسط ربات -->]</ref><ref>[http://www.rahesabz.net/story/42470/ جنبش راه سبز - نامه خانواده بروجردی کاظمینی به گزارشگر ویژه حقوق بشر<!-- عنوان تصحیح شده توسط ربات -->]</ref><ref>[http://www.rahesabz.net/story/44071/ جنبش راه سبز - حامیان کاظمینی بروجردی، خواستار توجه و حمایت احمد شهید از این روحانی محبوس شدند<!-- عنوان تصحیح شده توسط ربات -->]</ref><ref>[http://www.rahesabz.net/story/43609/ جنبش راه سبز - اعلام نگرانی ۴۷ روزنامه‌نگار و فعال حقوق بشر نسبت به وضعیت کاظمینی بروجردی<!-- عنوان تصحیح شده توسط ربات -->]</ref><ref>[http://www.rahesabz.net/story/43058/ جنبش راه سبز - پیام کاظمینی بروجردی خطاب به دبیرکل سازمان ملل<!-- عنوان تصحیح شده توسط ربات -->]</ref><ref>[http://boroujerdi.info/ Boroujerdi<!-- عنوان تصحیح شده توسط ربات -->]</ref>
ازحکومت برای تخریب وجه مردمی و ترور شخصیت ایشان، اقدام به اوانتشار فیلمی منتشرمونتاژ شده‌استشده نمود که در آن اعترافاتی وجود دارد وکه وی از بعضی کارهای قبلی خود اظهار پشیمانی می‌کندمی‌کند، که متاسفانه چنین سناریوهای مضحکی از جانب حکومت برای همه آزادیخواهان و مخالفان حکومت تنظیم میگردد و رژیم در چنین مواردی ید طولایی داشته. <ref>http://www.irdc.ir/fa/content/1922/default.aspx</ref>{{مدرک}}
=== فراخوان عفو بین‌الملل ===
سازمان عفو بین‌الملل در ۱۷ اوت ۲۰۱۷ طی بیانیه ای خواستار پایان دادن به اعمال فشار بر کاظمینی بروجردی و برچیده شدن محدودیتهای اعمال شده بر این روحانی منتقد شد. این سازمان گفت: «علیرغم آزادی آیت‌الله سید محمدحسینحسین کاظمینی بروجردیبروجردی، او کماکان تحت نظارت ۲۴ ساعته نیروهای امنیتی و اطلاعاتی است به طوری که جز برای پیگیری روند درمانی خود اجازه ترک منزل را ندارد. همچنین به دلیل ممانعت نیروهای امنیتیامنیتی، بازدیدکنندگان مجاز به تردد به منزل ایشان نیستند.»
وی در ۱۵ دیماه ۱۳۹۵ پس از یکقریب دههبه اسارتیازده سال اسارت، تحت عنوان مرخصی استعلاجی و با قرار وثیقه سنگین، اجازه ترک زندان را یافت.<ref>{{یادکرد وب|نویسنده=|کد زبان=|تاریخ=|وب‌گاه=|نشانی=https://www.hra-news.org/2017/hranews/a-12018/|عنوان=عفو بین‌الملل: به آزار کاظمینی بروجردی پایان دهید}}</ref>
