از زمان انتشار کتاب بیست و سه سال به صورت زیر زمینی نقدهایی هم بر آن نوشته شده‌است که از جملهٔ آنها می‌توان به کتابهای «[[خیانت در روایت تاریخ|خیانت در گزارش تاریخ]]» و «[[راز بزرگ رسالت]]» اشاره کرد. نویسندگان هر دو نقد مذکور علاوه بر وارد کردن ایرادهایی، دشتی را به کوتاهی در امانت‌داری در [[نقل قول]] از منابع متهم نموده‌اند. کتاب «خیانت در گزارش تاریخ» تألیف [[سید مصطفی حسینی طباطبایی]] در سه جلد نگاشته شده‌است.<ref>راز بزرگ رسالت، چاپ ۱۳۸۶، ص ۳۷: «چه بسا مطلبی را از کتابی نقل می‌کند که در آن کتاب موجود نیست، چه بسا آیه را غلط می‌نویسد، گاهی مطلبی را از تفسیر جلالین نقل می‌کند و می‌گوید تفسیر جلالین مدرک آن را ننوشته‌است در حالی که تفسیر جلالین مدرک آن را نوشته‌است.»</ref><ref>خیانت در گزارش تاریخ، ج ۱ ص ۱۰: «کمتر کسی از خوانندگان درصدد برمی‌اید تا مندرجات کتاب را پیگیری کند و آنها را با منابع تاریخ اسلام تطبیق دهد که اگر کسی حوصله این کار را داشته باشد بزودی در می‌یابد کتاب بیست و سه سال، آیتی است از تحریف تاریخ و قلب مدارک اسلامی و دگرگون‌ساختن مندرجات کتابها»</ref> طباطبایی علی دشتی را با استناد به کتاب خودش متهم به عدم آشنایی ابتدایی با زبان عربی را می‌کند و این که چگونه کسی که حتی آشنایی ابتدایی با زبان عربی ندارد، در مورد قرآن نظر می‌دهد. برای نمونه قرآن در سوره شعرا آیه ۱۹۸ می‌فرماید: «وَ لَوْ نَزَّلْنَاهُ عَلَی بَعْضِ الْأَعْجَمِینَ» که معنی آن چنین است: «و اگر نازل می‌کردیم آن را بر برخی غیر عرب زبانان» اما در کتاب ۲۳ سال صفحه ۷۳ چنین ترجمه شده‌است: «کاش قرآن بر غیر عرب نازل شده بود».{{مدرک}} طباطبایی در نقد خود به ناسزاگویی و عکس العمل‌های تند روی آورده که به اعتقاد [[پال اسپراکمن]] نشان دهنده عقاید متعصبان ایران است. او چنین مسایلی را دلیل انتشار کتاب به صورت گمنام می‌داند.<ref name="p5wst">{{یادکرد وب | عنوان=بیست و سه سال*:بررسی کارنامهءسیاسی محمد twenty three years a study of the prophetic career of mohammad | وب‌گاه=IranNamag | پیوند=https://www.irannamag.com/article/بیست-و-سه-سالبررسی-کارنامهءسیاسی-محمد/ | کد زبان=ar | تاریخ بازبینی=2018-01-31}}</ref>
طباطبایی علی دشتی را با استناد به کتاب خودش متهم به عدم آشنایی ابتدایی با زبان عربی را می کند و این که چگونه کسی که حتی آشنایی ابتدایی با زبان عربی ندارد، در مورد قرآن نظر می‌دهد. برای نمونه قرآن در سوره شعرا آیه ۱۹۸ می‌فرماید: «وَ لَوْ نَزَّلْنَاهُ عَلَی بَعْضِ الْأَعْجَمِینَ» که معنی آن چنین است: «و اگر نازل می‌کردیم آن را بر برخی غیر عرب زبانان» اما در کتاب ۲۳ سال صفحه ۷۳ چنین ترجمه شده‌است: «کاش قرآن بر غیر عرب نازل شده بود».
طباطبایی در نقد خود به ناسزاگویی و عکس العمل های تند روی آورده که به اعتقاد پال اسپراکمن نشان دهنده عقاید متعصبان ایران است . او چنین مسایلی را دلیل انتشار کتاب به صورت گمنام می داند. <ref name="p5wst">{{یادکرد وب | عنوان=بیست و سه سال*:بررسی کارنامهءسیاسی محمد twenty three years a study of the prophetic career of mohammad | وب‌گاه=IranNamag | پیوند=https://www.irannamag.com/article/%d8%a8%db%8c%d8%b3%d8%aa-%d9%88-%d8%b3%d9%87-%d8%b3%d8%a7%d9%84%d8%a8%d8%b1%d8%b1%d8%b3%db%8c-%da%a9%d8%a7%d8%b1%d9%86%d8%a7%d9%85%d9%87%d8%a1%d8%b3%db%8c%d8%a7%d8%b3%db%8c-%d9%85%d8%ad%d9%85%d8%af/ | کد زبان=ar | تاریخ بازبینی=2018-01-31}}</ref>
جی نورزر در نقد بیست و سال موفقیت آن در تکثیر گسترده اش را ناشی از مجادلاتی می‌داند که این کتاب برانگیخته. او این کتاب را چیزی بیش از تلاشی بی پرده برای اسطوره زدایی از نبوت محمد پیامبر و بازگشت به منابع اولیه ای چون ابن اسحاق و تاریخ طبری نمی‌داند. او دشتی را به خاطر برخورداری از تربیت معمول حوزوی و تسلط قابل توجه بر زبان عربی برای خلق این مطالعه به‌طور برجسته ای شایسته می‌داند.<ref name="zkaca">{{یادکرد وب | عنوان=Review on JSTOR | وب‌گاه=JSTOR | پیوند=https://www.jstor.org/stable/4311009?seq=1#page_scan_tab_contents | کد زبان=en | تاریخ بازبینی=2018-01-31}}</ref>
