کلوتریمازول با ممانعت از تقسیم و رشد قارچ عمل می‌کند. کلوتریمازول یک داروی متوقف کنندهمتوقف‌کننده رشد قارچ است و در درمان عفونت‌های قارچی بسیار مؤثر است ولی بسته به مقدار مصرف می‌تواند کشنده قارچ نیز باشد. این دارو بیوسنتز ارگوسترول یا سایر [[استرول]]ها را مهار نموده و با آسیب رساندن به غشا سلولی قارچ و تغییر در نفوذپذیری آن، موجب خروج عناصر ضروری داخل سلولی و مرگ آن می‌شود. این دارو همچنین بیوسنتز [[تری گلیسیرید]]ها و فسفولیپیدها توسط قارچ را مهار می‌کند. علاوه بر این، این دارو با مهار فعالیت اکسیداتیو و پراکسیداتیو آنزیم‌ها، سبب ساخت غلظتهای سمی هیدروژن پراکساید در داخل سلول شده که ممکن است منجر به از بین رفتن اندامکهای داخل سلول و نکروز سلولی گردد. در کاندیدا آلبیکانس، این دارو از تبدیل بلاستورسپورها به شکل میسلی فعال قارچ جلوگیری می‌کند.
