محمد رویانیان در تاریخ ۱۵ اردیبهشت ۱۳۹۳ به دلیل ابهامات وارد بر وی در خصوص باشگاه پرسپولیس و بدهیهای قبلی مدیران سابق این باشگاه مورد سؤال قرار گرفت مدارک هزینه کرد و طلب یک میلیارد و نهصد میلیون تومانی خود از باشگاه پرسپولیس را به ماقامات قضایی و وزارت ورزش ارائه کرد که مورد تایید علیرضا رحیمی مدیرعامل وقت پرسپولیس قرار گرفت.<ref>{{یادکرد وب |نویسنده = |نشانی= https://www.khabaronline.ir/detai/353533/sport/sport-management|عنوان=ابهام دربارهٔ محمد رویانیان