فصل دوم، هشت ساعت پس از فرار آغاز می‌شود. هشت فراری تقریباً از هم جدا شده‌اند و هر کدام به دنبال اهداف خود می‌روند. [[براد بلیک]] که [[افسر نگهبان]] زندان بود، از کارش اخراج می‌شود و بعد از این به دنبال فراری‌ها می‌رود تا با دستگیری آن‌ها پولی به جیب بزند. همچنین ورونیکا که استیتمناستیدمن را در بلکفوت مونتانا پیدا کرده‌است، توسط افراد سازمان کشته می‌شود. چند نفر از این فراری‌ها به دنبال گنج ۵ میلیون دلاری [[فهرست شخصیت‌های فرار از زندان#چارلز وستمورلند|چارلز وستمورلند]] می‌روند که او آن را چندین سال پیش زیر خاک پنهان کرده‌است. [[الکساندر ماهون]] مأمور [[اف‌بی‌آی]] است که از طرف [[سازمان (فرار از زندان)|سازمان]] مأمور می‌شود تا مایکل و برادرش را که به دنبال سرنگونی رئیس‌جمهور فعلی (همان معاون رئیس جمهور و یکی از اعضای سازمان) هستند را متوقف سازد. او همپنین باعث کشته شدن توئینر، حان ابروزی و هریوایر می‌شود. مایکل به راز ماهون که خلافکاری به نام اسکار شلز را در باغچهٔ خانهٔ خود دفن کرده بود، پی می‌برد و از او می‌خواهد که ان‌ها را تعقیب نکند ولی ماهون نمی‌پذیرد. همچنین [[سازمان (فرار از زندان)|سازمان]]، پدر سارا را (فرانک تانکردی، فرماندار شیکاگو) به قتل می‌رساند. به دنبال این، سارا به مایکل و لینکلن می‌پیوندد تا با هم علیه رئیس جمهور کار کنند. مایکل و لینکلن توسط ماهون دستگیرشده و به کمک کلر من از دست پلیس‌ها فرار می‌کنند. پل کلرمن، از مأمورین سابق سازمان، به آن‌ها می‌پیوندد. همچنین سی نوت دستگیر می‌شود و به ازای برملا کردن حقایق علیه ماهون آزاد می‌شود. برادران به همراه سارا، تی‌بگ، سوکره، بلیک و ماهون به [[پاناما]] می‌روند و در آن‌جا مایکل، تی‌بگ، بلیک و ماهون به زندان سونا می‌روند.
