سید ضیاءالدینضیا طباطبایی یزدی در تابستان ۱۲۶۸ شمسی در شیراز متولد شد. پدرش سید علی آقا یزدی از خطبای مشهور عهد مظفری است که در اواخر سلطنت [[ناصرالدین شاه]] به حوزهٔ علمیهٔ نجف رفت. وی در پی درخواست مظفرالدین میرزای ولیعهد از [[میرزای شیرازی]] به‌منظور اعزام یکی از روحانیون حوزه برای زعامت دینی هموطنان به ایران بازگشت. سید علی آقا در زمان مشروطه تنها در چارچوب اقدامات مظفری با مشروطه خواهان موافق بود؛ اما بعدها در صف مخالفان مشروطه طلبان و همرزم [[شیخ فضل‌الله نوری]] قرار گرفت و حتی در دوران استبداد صغیر به ساری نیز تبعید شد. مادرش نیز دختری شیرازی بود که پدرش در سفری به شیراز با وی ازدواج کرد و سید ضیاء نیز نخستین فرزند وی بود.
سید ضیاء در حدود یک‌سالگی همراه با والدین خود به تبریز برده شد. تحصیلات مقدماتی خود را توسط معلمان خصوصی در منزل فراگرفت. سپس، با ورود به مدرسهٔ ثریای تبریز، علاوه بر دروس جدید، زبان روسی را نیز فراگرفت. پس از آن به شیراز رفت و علاوه بر تحصیلات مذهبی، به فراگیری زبانهای فرانسه و انگلیسی نیز پرداخت.
