بجز علی شریعتی، [[سید محسن امین]] و [[سید محمدحسین طباطبائی]] از منتقدان وی بودند و عقیده داشتند گرچه بحارالانوار از بزرگترین کتب حدیثی شیعه محسوب میشود اما نوشتههای او نیاز به تجدیدنظر دارند و او مواد کم و مفید را با مواد بیارزش زیادی مخلوط کردهاست و کتاب او تبدیل به ملغمهای شده که راست و دروغ در آن مخلوط شده و قابل تشخیص و استناد نیست.<ref>{{یادکرد دانشنامه | نام خانوادگی = Brunner | نام = Rainer| پیوند نویسنده = | مقاله =مجلسی، محمدباقر | دانشنامه =دانشنامه ایرانیکا | ویرایش = | جلد= | سال = | ناشر = | مکان = | شابک = | صفحه = | نشانی = http://www.iranicaonline.org/articles/majlesi-mohammad-baqer| تاریخ بازبینی =}}</ref>
[[سید ابوالفضل برقعی قمی]] که البته مورد قبول اغلب علمای شیعه نیست و به گرایش به وهابیگری متهم است و مخالف اصل استفاده از روایات در کنار قرآن است در مورد مجلسی مینویسد:
<blockquote>یکی از مشکلات بزرگ مسلمین مسألة خرافات و موهومات است و متأسفانه کمتر دیده شده که آخوندها و معمّمین با بدعتها و خرافات که مورد علاقة مردم عوام است، مبارزه کنند.
مجلسی که میل شدید به خرافات دارد و غیراو، برای دفاع از أحادیث «من بَلَغَهُ» و قاعدة «[[تسامح در ادله سنن|تسامح در أدلّة سنن]]» شبه دلیلی آوردهاند که واضح البطلان است. البته حارِسُ البدع و مروّج الخرافات «محمّدباقر مجلسی»، شاید به منظور تقویت مذکور، مدّعی شده که این أخبار را فریقین نقل کردهاند أمِا قول او صحیح نیست. خود وی نیز نام کتابی از أهل سنّت را که ناقل چنین حدیثی باشد، ذکر نکردهاست. شیخ بهایی در «وجیزه» فرموده: «و هِیَ ممّا تَفَرَّدنا بروایتهِ» این حدیث [از أحادیثی است] که فقط ما شیعیان نقل کردهایم.</blockquote><ref>علامه سید ابوالفضل برقعی قمی تضاد مفاتیح الجنان با قرآن صفحه ۱۲ و ۱۳</ref>