در دوم اسفند ۱۳۹۱، این استاد اخلاقاو طی سفری زیارتی به [[عربستان سعودی]] بعلت عارضه تنفسی در بیمارستان ملک فیصل شهر [[مکه]] در سن ۸۶ سالگی درگذشت.<ref>[http://www.tabnak.ir/fa/news/303925/آیت-الله خوشوقت در مکه مکرمه درگذشت]، تابناک</ref> در پی درگذشت او، [[سید علی خامنه‌ای]] طی پیامی که در آن از خوشوقت با عنوان «عالم ربانی»، «سالک الی الله» و «عارف بالله» یاد کرده بود، درگذشت وی را تسلیت گفت.<ref>[http://abna.ir/data.asp?lang=1&id=392715 رهبر انقلاب: درگذشت آیت الله خوشوقت مصیبتی اندوه‌بار برای شاگردان آن عارف بالله است] خبرگزاری ابنا</ref>
همچنین عمده مراجع تقلید در تهران و قم برای ایشان مراسم ترحیم و ختم برگزار کردند.<ref>http://mahfoozi.ir/index.php/2011-11-08-06-12-41/322-2013-03-01-14-28-24</ref>
