سید حسین طباطبایی قمی نسبت به اقدامات ضد مذهبی رضاخان همیشه موضع سختی می‌گرفت. به دنبال اجباری شدن کلاه شاپو و سیاست‌های تغییر لباس در دوران پهلوی اول، وی در تیرماه ۱۳۱۴ به پیشنهاد علمای [[مشهد]] جهت مذاکره با [[رضاشاه]] در مورد این سیاست‌ها راهی تهران شد.<ref name="hawzah.net1" />
ویپسوی پس از ورود به تهران، به [[ری]] رفت و در باغ سراج‌الملک ساکن شد. مردم تهران به طور گسترده به ملاقات او می‌رفتند و رژیم پهلوی محل اقامت او را تحت محاصره قرار داد. خبر بازداشت این مرجع تقلید با اعتراضات مردم، به ویژه مردم مشهد مواجه شد. مردم در حرم مطهر و [[مسجد گوهرشاد]] اجتماع کرده و به سخنان وعاظ و خطبا همچون [[محمدتقی بهلول]] گوش فرا می‌دادند و هر روز بر ابعاد اعتراضات مردم افزوده می‌شد. تا این که در نهایت مأموران حکومتی در روز چهاردهم ربیع‌الثانی و در [[واقعه مسجد گوهرشاد]] به جمع روحانیون و مردم که در مسجد گوهرشاد دست به تحصن زده بودند، حمله‌ور شده و دست به کشتار زدند. پس از کشتار و سرکوب مردم در مسجد گوهرشاد، رژیم پهلوی در سال ۱۳۵۴ قمری او را از ایران به عراق تبعید کرد. به همین علت از این سال به بعد مرجعیت ایشان به [[کربلا]] منتقل شد.<ref name="ahl-ul-bait.org" />
با وجود وی، وضع عمومی حوزه تغییر یافت و جلسات درس و بحث رونق دیگری گرفت. ایشان در کنار اداره حوزه و زعامت دینی مردم و انجام رسالت عظیم مرجعیّت، از تدریس و تربیت شیفتگان علم دریغ ننمود و دروس خارج فقه و اصول را برای جویندگان آن بیان می‌کرد.<ref name="ahl-ul-bait.org" />
