اکثر منابع خلیفه ناصر را شیعه دانسته‌اند که این امر یک دلیل اصلی دارد و آن هم ارادت و حرمت خاصی است که این خلیفه برای ائمه معصومین و شیعیان قائل بود. چنان‌که دستور داد در و شبکه‌ای از چوب ساختند و در سرداب [[سامرا]] و بر قبه هر امام مدفون در آنجا نصب کردند. او به محله‌های شیعه‌نشین نیز توجه خاص داشت و در محله [[کرخ]] که گفته می‌شد محل دفن دو تن از فرزندان [[امام علی(ع) بن ابی طالب]] است آرامگاهی برای همسرش [[سلجوق خاتون]] بنا کرد، او برای خود نیز آرامگاهی کنار مرقد [[موسی بن جعفر (ع)]] بنا کرد، همچنین در دستگاه خلافتش شیعیان دارای درجات عالی بودند. در دوره خلیفه ناصر بر خلاف تمام ادوار دیگر خلافت رفتارهای متضاد با شیعیان دیده نمی‌شود و اوج شیعه‌گری در عصر عباسی همین زمان است و خلیفه ناصر جلوی تمام فشارها بر شیعیان را گرفته بود. اما همچنان نمی‌توان در مورد شیعه بودن خلیفه ناصر نظر قطعی داد چرا که نقدهایی نیز بر این موضوع وارد است، از جمله: در مورد ارادتش به ائمه گفته‌اند که بسیاری از سنی مذهبان نیز همچین علقه‌ای داشتند و نیز برخی این علاقه را به نزدیکی ناصر به [[صوفیان]] نسبت داده‌اند. همچنین در مورد احترامش به قبور ائمه، بیشتر خلفای عباسی چنین علاقه‌ای را دارند. از طرفی هم در مورد حضور شیعیان در دستگاه خلافت ناصر گفته می‌شود که هم قبل از او و هم بعد از او همیشه در دستگاه خلافت بوده‌اند، پس نمی‌توان به آن اتکا کرد.<ref>{{پک|یعقوبی|۱۳۸۵|ک=تشیع خلیفه الناصر الدین الله|ص=}}</ref>
