در روزهای بعد از انقلاب، سازمان مجاهدین خلق که بعنوان یک سازمان انقلابی در ایران فعالیت میکرد بین سالهای ۵۸ تا ۶۰ مرتباً از سوی مخالفان مورد حمله قرار میگرفت، حتی عده ای از مجاهدین هم در این حملات کشته شدند. سازمان بارها در اعتراض و رسیدگی به این شرایط به مقامات نامه نوشتند اما نتیجه ای حاصل نشد. [[موسی خیابانی]] (بدنبال یکی از این حملات مسلحانه به پایگاه امدادی مجاهدین) در بهمن ۵۸ در مصاحبه با نشریه مجاهد گفت: تلاش کردیم صبر و بردباری داشته باشیم تا واکنشهای متقابل کور انجام ندهیم. در هر موردی، مراتب را به مسئولان امر نوشتیم و درخواست رسیدگی کردیم که ممکن است کسی کشته بشود… متأسفانه به این تقاضاهای ما که خطاب به مسئولان بود، تا حالا جوابی داده نشده»<ref>http://www.iran-archive.com/sites/default/files/sanad/mojahedine_khalgh--mojahed_fogholade_3_0.pdf</ref>
پس از دو سال کشمکش میان حاکمیت و مجاهدین غائلهٔنهایتا بعد از تظاهرات مسالمت آمیز نیم میلیونی مجاهدین در ۳۰ خرداد ۱۳۶۰ که توسط نیروهای حاکمیت سرکوب شد و وروداز سازمان۳۱ بهخرداد، فازاعدام های [https://www.mojahedin.org/news/170865/سی-خرداد-پاسخ-به-ضرورت-تاریخ-قسمت-دهمدسته جمعی مجاهدین مسلحانه]. در پایاناوین خردادماهآغاز ۱۳۶۰،شد رهبری، سازمان مجاهدین در پاسخ به این کشتارهای وسیع اعلام جنگ مسلحانه با نظام جمهوری اسلامی ایران کرد و بلافاصله موسی خیابانی به عنوان فرمانده نظامی سازمان وارد صحنه عملیات نظامی و جنگ داخلی شد. در زمانی که خیابانی به عنوان فرمانده نظامی، جنگ مسلحانه با جمهوری اسلامی را هدایت میکرد، بیش از ۳۰۰ تن که بیشتر آنان غیرنظامی و برخی نیز عضو [[سپاه پاسداران]] یا [[نیروی انتظامی جمهوری اسلامی ایران|نیروی انتظامی]] بودند، در این نبردها کشته شدند.<ref>{{یادکرد کتاب|عنوان=بیلان ترور، استحالهٔ ایدئولوژیک»، فصلِ اول، بخشِ «ویژگیهای آماری ترورشدگان»|نام خانوادگی=|نام=|ناشر=|سال=|شابک=|مکان=|صفحات=}}</ref> البته جمهوری اسلامی در اطلاعیهای در آبان ۱۳۶۰، مدعی شد که آمار کسانی که تا آن زمان در این جنگهای داخلی، توسط شاخه نظامی مجاهدین به فرماندهی خیابانی کشته شدهاند، از ۵۰۰ تن نیز فراتر رفتهاست.<ref>{{یادکرد کتاب |نام خانوادگی= آبراهامیان|نام=یرواند |کتاب=اسلام رادیکال | ناشر= |سال= |مکان= |شابک=}}</ref> هرچند جمهوری اسلامی ادعا کرده که اکثریت این افراد مردم غیرنظامی بودند، اما سازمان مجاهدین، غیرنظامی بودنِ آنان را رد میکند.<ref>{{یادکرد کتاب |نام خانوادگی= |نام= |کتاب=مجاهدین خلق پیدایی تا فرجام | ناشر= |سال= |مکان= |شابک=}} - در این کتاب، تعداد افرادی را که توسط شاخه نظامی مجاهدین که تحت فرماندهی موسی خیابانی بود، کشته شدند را بیش از 300 نفر عنوان کرده؛ و مدعی است که اکثر آنها غیرنظامیان بودند که البته مورد تأیید سازمان مجاهدین خلق ایران نیست.</ref> همزمان با کشته شدن صدها تن از سپاه پاسداران، نظام جمهوری اسلامی بیش از ۲۵۰۰ تن از مجاهدین خلق را در سال ۱۳۶۰ اعدام کرد.<ref>https://books.google.com/books?id=dNXhCQAAQBAJ&pg=PA339&lpg=PA339&dq=موسى+خيابانى+كانديداى+مجلس&source=bl&ots=aCAgkBFmkZ&sig=Jk3iQ4FrKlW5XM8qzQV_hKEFdiU&hl=en&sa=X&ved=0ahUKEwiG14nUlNTXAhVIo6QKHVWACCMQ6AEIswEwGw</ref><ref>{{یادکرد کتاب |نام خانوادگی= آبراهامیان|نام=یرواند |کتاب=اسلام رادیکال | ناشر= |سال= |مکان= |شابک=}} - فصل نهم، صفحهٔ 279 از ترجمه فارسی</ref> [[جمهوری اسلامی]] بمبگذاریهای دفتر حزب ریاست جمهوری و نخستوزیری در سال ۱۳۶۰ را به [[سازمان مجاهدین خلق]] نسبت داد.