وی از سال۱۳۳۰ به بیماری استسقا مبتلا شد و پس از حدود دو سال، در عصر روز ۱۱شعبان ۱۳۳۲ مطابق با ۱۲۹۵ شمسی در سن ۷۰سالگی، درگذشت.<ref>[http://www.ensani.ir/fa/content/9455/default.aspx توپهای خالی (سیری در زندگی آقانجفی اصفهانی) تقی صوفی نیارکی]</ref>
پیکر او را در کنار [[امامزاده احمد (نزدیکاصفهان)|امامزاده احمد]] دفن کردند.<ref>{{یادکرد |کتاب = زندگی نامه آیت الله منزلالعظمی آقانجفی واصفهانی مسجد|نویسنده شاه)= کهسید خود[[مصلح‌الدین معینمهدوی]] کرده|فصل بود،= دفن|صفحه کردند.= ۱۳۲ | ناشر = آرما| چاپ = اول| سال = پاییز ۱۳۹۰ |شابک = ۶-۱۱-۶۰۷۷-۶۰۰-۹۷۸}}</ref> روزنامه حبل‌المتین به نقل از گزارشگر خود که مستقیماً در شهر اصفهان حضور داشته، از عزاداری مردم در سوگ آقانجفی، چنین گزارش می‌دهد: {{نقل قول|خبر اصفهان: امروز که روز جمعه ۱۶شهر شعبان۱۳۳۲ و ششمین روز وفات آیت‌الله حاج‌شیخ محمدتقی نجفی- حشرالله مع تولاه- است، پس از طی ۷۱مرحله زندگانی، به دیار جاوید شتافت. در این ۶ روز، شهر و توابع، یکپارچه ماتم است؛ تمام شهر را سیاه بسته، مسجد شاه و میدان جنب آن در این چندروز از دسته‌زن و سینه‌زن و کتل و نوحه‌گر خالی نمانده؛ طوری عزاداری نمودند که هیچ‌گاه احدی ندیده و نشنیده بود…<ref>[http://hamshahrionline.ir/details/149185 زندگینامه: آقا نجفی اصفهانی (۱۲۲۴ - ۱۲۹۲)]</ref><ref>روزنامه حبل‌المتین، ۲ شوال ۱۳۳۲، ش ۱۶، ص ۱۷.</ref>}}
