ساخت DNAدنا نوترکیب یکی از اصلی‌ترین مراحل مهندسی ژنتیک است.از این رو حتی به مهندسی ژنتیک، فناوری ساخت DNAدنا نوترکیب نیز گفته می‌شود.
برای ساخت DNAدنا نوترکیب به دو نوع آنزیم نیاز است.یکی برای بریدن ژن خارجی(ژن مورد نظر برای تکثیر یا محصول) و وکتور، به عنوان مثال پلازمید(DNAدنا کوچک، حلقوی که در بعضی از باکتری‌ها وجود دارد) و قرار دادن ژن خارجی در وکتور و دومین آنزیم برای برقراری پیوند فسفو دی استر بین ژن خارجی و وکتور.
برای بریدن DNAدنا از آنزیم‌های محدودکننده استفاده می‌شود. آنزیم‌های محدودکننده آنزیم‌هایی باکتریایی هستند. یعنی فقط ژن رمزکننده این آنزیم‌های پروتیینی در باکتری‌ها موجود می‌باشد و سلول‌های یوکاریوتی ژن رمزکننده این دسته از آنزیم‌ها را ندارند. آنزیم‌های محدودکننده توالی کوتاه و خاصی از DNAدنا به نام جایگاه تشخیص آنزیم را شناسایی می‌کنند و آن‌ها را برش می دهند. بیشتر آنزیم‌هایی محدودکننده، توالی کوتاه و تک رشته‌ای را در دو انتهای DNAدنا ای که برش میزنند ایجاد می‌کنند که به آن‌ها انتهای چسپنده می گویند. در مهندسی ژنتیک تنها از آنزیم‌هایی که انتهای چسبنده ایجاد می‌کنند استفاده می‌شود. انتهای چسبنده باعث می‌شود که پیوند هیدروژنی بین دو تک رشته DNAدنا ایجاد شده توسط آنزیم محدودکننده(انتهای چسبنده) برقرار شود.بعد از برقرای [[پیوند هیدروژنی]] بین دو انتها، برای برقراری پیوند فسفو دی استر بین دو رشته DNA،دنا، از آنزیم پروتیینی لیگاز استفاده می‌شود. حال DNAدنا نوترکیب آماده شده‌است.
