پس از تعیین تکلیف بودجه سال ۱۳۹۸ توسط دولت روحانی و مشخص شدن بودجه هر یک از وزارتخانه‌ها حسن قاضی زاده هاشمی به دلیل ناراحتی از بودجه «از دیدگاهِ وی»، کمی که به بخش سلامت تخصیص داده شده بود استعفای خود را به دولت داد و در انتظار تأیید حسن روحانی بود. وی براساس گزارش‌های خبری در دی‌ماه ۱۳۹۷، در اعتراض به کاهش بودجه سلامت استعفا داد و در جلسات هیئت دولت شرکت نکرد؛ و سپس استعفای وی در تاریخ ۱۳ دی ۱۳۹۷ پذیرفته شد، و دولت[[سعید نمکی]] به دنبالعنوان سرپرست برای وزارت بهداشت درمان و درمانآموزش برآمدپزشکی منصوب شد.<ref>{{یادکرد وب|تاریخ=2019-01-03|وبگاه=خبرگزاری فارس|نشانی=https://www.farsnews.com/news/13971010000395/قاضی‌زاده-از-قطار-دولت-پیاده-شد-سعید-نمکی-سرپرست-وزارت-بهداشت|عنوان=خبرگزاری فارس - قاضی‌زاده از قطار دولت پیاده شد/سعید نمکی سرپرست وزارت بهداشت|بازبینی=2019-01-03}}</ref><ref name="bgcae">{{یادکرد وب | عنوان=استعفای قاضی زاده هاشمی از وزارت بهداشت و عدم شرکت در جلسات هیئت دولت | وبگاه=خبرگزاری فارس | پیوند=https://www.farsnews.com/news/13971009000433/استعفای-قاضی-زاده-هاشمی-از-وزارت-بهداشت-و-عدم-شرکت-در-جلسات-هیات-دولت- | کد زبان=fa | تاریخ بازبینی=2018-12-30}}</ref><ref name="z0w17">{{یادکرد وب | عنوان=استعفای وزیر بهداشت پذیرفته شد/قاضی زاده سومین وزیر مستعفی دولت دوازدهم | وبگاه=خبرگزاری موج | تاریخ=2018-12-30 | سال=2018 | پیوند=http://www.mojnews.com/بخش-اجتماعی-5/257919-استعفای-وزیر-بهداشت-پذیرفته-شد-قاضی-زاده-سومین-وزیر-مستعفی-دولت-دوازدهم | کد زبان=fa | تاریخ بازبینی=2018-12-30}}</ref><ref name="qmd4i">{{یادکرد وب | نویسنده=خبرگزاری باشگاه خبرنگاران | عنوان=حضرتی: وزیر بهداشت استعفا داد/ دولت به دنبال سرپرست برای وزارت بهداشت و درمان است | وبگاه=خبرگزاری باشگاه خبرنگاران | آخرین اخبار ایران و جهان | YJC | تاریخ=2018-12-30 | سال=2018 | پیوند=http://www.yjc.ir/fa/news/6779519 | کد زبان=fa | تاریخ بازبینی=2018-12-30}}</ref>
[[حسینعلی شهریاری]] رئیس کمیسیون بهداشت و درمان مجلس، در رابطه با این استعفاء، اظهار داشت: {{نقل‌قول|"ظاهراً دولت می‌خواهد مردم را به بهانه‌های مختلف به خیابان‌ها بکشاند."}}
