علی مطهری ضمن انتقاد از طولانی شدن فرآیند بررسی پرونده [[سعید طوسی]]، را طبیعی ندانست و از روندنحوه رسیدگی به این پرونده انتقادرا کردطبیعی ندانست. اوعلی مطهری همچنین گفت: <blockquote>مقامات قضایی رعایت مصلحت خودساخته را کرده‌اند که مثلاً چون متهم قاری قرآن است، بهتر است به‌طور جدی پیگیری نشود؛ که البته این روش اشتباه است و با عدالت اسلامی و [[علوی]] سازگار نیست.</blockquote>به نظر علی مطهری، همین کندی در رسیدگی پرونده باعث شده که شاکیان به شبکه‌های خارجی پناه ببرند.
ایشان در موضوع استفاده از سعید طوسی به عنوان قاری قرآن در شروع مجلس دهم هم واکنش نشان داد. او گفت:<blockquote>وقتی فردی چنین پرونده‌ای دارد چرا در یک مراسم رسمی کشوری مانند افتتاحیه مجلس دهم از او به عنوان [[قرائت|قاری]] استفاده می‌شود؟ طبعاً این شائبه پیش می‌آید که می‌خواهند شاکیان را بترسانند تا دست از شکایت خود بردارند.</blockquote>علی مطهری اضافه کرد،کرد: اثبات این گونه جرایم بسیار سخت و گاه نشدنی است. مگر آن که خود فرد اقرار کرده باشد. دین اسلام نقل و انتشار این گونه اخبار که به عفاف جامعه مربوط است -حتی به فرض اثبات- منع کرده. علت آن هم این است که نمی‌خواهد قبح این گونه گناهان از بین برود. او در آخر گفت: در پرونده آقای [[سعید طوسی]] به نظر می‌رسد قصوری صورت گرفته‌است که حدود پنج سال معطل مانده‌است.<ref>{{یادکرد وب|نویسنده=ایسنا|کد زبان=|تاریخ=|وبگاه=|نشانی=http://www.isna.ir/news/95081006930/واکنش-علی-مطهری-به-ماجرای-سعید-طوسی|عنوان=واکنش علی مطهری به ماجرا سعید طوسی}}</ref>
