از آغاز قرن چهاردهم هجری شمسی رسیدگی به بناهای تاریخی شهر اهمیت بسیاری یافت. مسجد جامع اصفهان جز آثار ملی ثبت شد و هر ساله قسمتی از بودجهٔ دولتی را به آن اختصاص می‌دهندداده‌شد. هنگامی که وزرارتوزارت فرهنکفرهنگ و هنر اصفهان تصمیم گرفت مرمت مسجد را آغاز کندکند، از ''حسین معارفی'' درخواستخواسته شد این کار را بانجامبه انجام برساند. ندرسهٔدر این زمان مدرسهٔ مظفری، ایوان شرقی و منارهٔ غربی مسجد دچار ناپایداری شده‌بود و ''معارفی'' دربارهٔ همین موضوع با باستان‌شناسانباستان‌شناس و [[آرشیتکت]] فرانسوی که در اصفهان حضور یافته بود گفت و گو کرد. مشکل این قسمت‌ها چرخیدن لبهٔ خارجی ایوان به بیرون بود، پس آن‌ها به و سیلهٔوسیلهٔ نصب دو تیر آهن و قرینهٔ و ادامه دادن آن‌ها تا انتهای ایوان شرقی اینشرقی، حرکت آجرها را مهار کردند. پایین منارهٔ غربی هم به وسیلهٔ کمربندی فولادی محکم کردند و با سیم بکسلی در جهت عکس آن موفق شدند از حرکت آن جلوگیری کنند. با ایجاد پشت‌بندها و نصب سیم بکسل‌ها از تخریب مدرسهٔ مظفری هم جلوگیری شد. کاشی‌های شبستان الجایتو و نمادهاینماهای خارجی ایوان شمالی و جنوبی نیز تعمیر شده‌استشد. مؤسسهٔ [[ایتالیایی‌ها|ایتالیایی]] ایزمئو هم به سرپرستی ''گالدیری'' روابط خوبی را با ایران آغاز کرد و مرمت و مطالعهٔ بناهایی از ایران را به عدهعهده گرفت. او از سال ۱۳۴۹ ه.ش/ ۱۹۷۱ م تا ۱۳۶۲ ه.ش/ ۱۹۸۴ مم، مرمت قسمت‌های مختلف مسجد را انجام داد. ''گالدیری'' می‌گوید رطوبتی که از طریق پشت بام و بارندکگیبارندگی یا از طریق صعودی و از زمین وارد مسجد شده‌بود به شدت معماری آن را دچار آسیب کردهکرده‌بود؛ کهپس سقف بهه طوربه‌طور کامل به همان شیوهٔ قدیمی کاهگل شدهشد و قسمت‌هاییقسمت‌های دیگر هم هواکش قرار داده‌شد.
پس از [[انقلاب اسلامی]] با یک سال وقفه مرمت مسجد ادامه پیدا کرد و سازمان [[میراث فرهنگی]] هم ایجاد شد. در سال ۱۳۶۳ ه.ش / ۱۹۸۵ م بود که یک بمب از هواپیمای بمب افکن [[عراقی‌ها|عراقی]] در شبستان جنوب شرقی افتاد و باعث تخریب کامل این محوطه شد. البته تأثیرات این عیببمب فراتر از تخریب یک قسمت بود. امواج حاصل شده از آن طاقهاطاق‌ها و چشمه‌ها را لرزاند و ترکش‌هایشترکِش‌هایش باعث ضربه به کاشی‌ها و گنبد شد. مدتی بعد آوارها جمع‌آوری شدهشد، آجرهای سالم برای بهره‌برداری دوباره جدا شد وشد، نقشه‌ای از محیط برای بازسازی آماده شد، کاشی‌های گنبد خاکی و نظام‌الملک هم تعمیر شد، سنگ‌های مرمر به وسیلهٔ بست‌های فلزی به زمین متصل شد، سنگفرش‌های مسجد کامل جدا شد و پس از زیرسازی دوباره نصب شد، سکوهای آجری مسجد مرمت شد و در نهایت ایوان شمالی که گاهی برای نماز استفاده می‌شد و سنگ‌فرش‌هایش دچار نم‌زدگی شده‌بود، دوباره کف‌سازی شد و هواکشی برای تهویهٔ هوا قرار داده‌شد.
کاشی‌های گنبد خاکی و نظام‌الملک هم تعمیر شد و سنگ‌های مرمر به وسیلهٔ بست‌های فلزی به زمین متصل شد. سنگفرش‌ها کامل جدا شده و پس از زیرسازی بوده نصب شد، سکوهای آجری مسجد مرمت شد، ایوان شمالی گاهی برای نماز استفاده می‌شد و چون کف آن ئچار نم‌زدگی شده‌بود، کف‌سازی تماماً از تو انجام شد و هواکشی برای تهویهٔ هوا قرار داده‌شد.
