[[مرد عنکبوتی|پیتر پارکر]] قصد دارد که از [[مری جین واتسون]] خواستگاری کند، که به تازگی اولین [[تئاتر برادوی]] را ساخته‌است. شهاب سنگی در نزدیکی [[پارک مرکزی نیویورک]] فرود می‌آید و [[سیمبیوت (کمیک)|سیمبیوتی]] فرازمینی ظاهر شده و سپس به همراه پیتر به آپارتمانش می‌رود. در همین حال، مأموران پلیس به دنبال زندانی و دزد فراری به نام فلینت مارکو، که به دیدار همسر و دختر بیمارش رفته‌است، هستند. تعقیب و گریز از سر گرفته می‌شود، و مارکو به داخل یک [[شتاب‌دهنده ذرات]] می‌افتد که بدنش با شن‌های اطراف ترکیب شده، و به [[مرد شنی (کمیک)|مرد شنی]] تبدیل می‌شود. [[هری آزبورن]]، به دنبال انتقام از مرگ پدرش در فیلم اول است، و به پیتر با سلاح‌های جدیدی که برپایه تکنولوژی [[گرین گابلین]] پدرش ساخته شده بودند حمله کرد. نتیجه مبارزه این شد که هری فراموشی گرفت، و حافظه اش از پیتر به عنوان مرد عنکبوتی و انتقامش پاک شد. همچنین خبرنگاری به نام [[ادی براک]] در ''دیلی بیوگل'' استخدام شده و مانند پیتر، عکاس مرد عنکبوتی شده‌است. سروان استیسی نیز به پیتر و زن عمو می می‌گوید قاتل اصلی بن پارکر، فلینت مارکو (مرد شنی) است. هری نیز حافظه‌اش را به دست آورده‌است.
پسوقتی ازپیتر پیوندخواب بود، سیمبیوت به پیتر او پیوند خورد در نتیجه قدرت و توانایی‌های بیشتری پیدا کرد. و همچنینپیتر موفقدر شد کهنبردی انتقام عمویش را از مرد شنی بگیردگرفت (البته مرد شنی همچنان زنده بود). هری که حافظه اش را به دست آورد تصمیم گرفت رابطه پیتر و مری جین نیزرا خراب کند، او مری جین را مجبور کرد که به خواستگاری پیتر پاسخ منفی داد ودهد، بنابراین پیتر به خانه هری رفت تا از او دلیل تحریک کردن مری جین را بپرسد؛ سپس درگیری بین آنها شکل گرفت و پیتر به شدت هری را زخمی کرد. ادی براک نیز عکسی تقلبی از مرد عنکبوتی منتشر کرد و پیتر با لو دادن تقلبی بودن عکس او، موجب شد که از دیلی بیوگل اخراج شود.
شبی پیتر همراه با [[گوئن استیسی]] به یک کلوپ جاز رفتمیرود تا با استفاده از او بتواند از مری جین انتقام بگیرد، پیتر در کلوپ همراه با گوئن شروع به رقصیدن کردمی‌کند و ضربه‌ای به مری جین زدمیزند. پیتر که متوجه شدمی‌شود خصلت‌های بد پیدا کرده‌است تصمیم گرفتمی‌گیرد که از شر سیمبیوت خلاص شود و در کلیسا با استفاده از امواج زنگ کلیسا موفق شد،می‌شود، اما سیمبیوت میزبان دیگری یعنی ادی براک را گرفتمی‌گیرد و او به ونوم تبدیل شدمی‌شود.
مرد شنی و ونوم مری جین را گروگان می‌گیرند بنابراین پیتر باید با آنها مبارزه می‌کردکند. هری که به وسیله خدمتکارش مطلعراز شدواقعی مرگ پدرش بهرا دستمتوجه خودش کشته شده،می‌شود، به کمک پیتر وشتافتمیرود. در نهایتنبرد، پیتر و طی اتفاقاتی که می‌افتد، آنها موفق می‌شوندهری مری جین را نجات دهند، امامی‌دهند، هری توسط ونوم کشته می‌شود ومی‌شود، پیتر نیز با استفاده از نقطه ضعف سیمبیوت یعنی [[صدا]] و [[آتش]] ونوم را نابود کرد،می‌کند، پیتربراک نیز ادی براک را از سیمبیوت جدا کرد ولی چون ادی دوباره تلاش کردمی‌کند تاونوم تبدیلشود به ونوم شود،و در انفجار کشته شد. مرد شنی نیز برای پیتر توضیح می‌دهد که قصد نداشته عمویش را بکشدمی‌شود.
مارکو پس از نبرد، توضیح می‌دهد که مرگ عمو بن حادثه ای بوده بوده است، و بن قصد داشته به او کمک کند. پیتر نیز مارکو را میبخشد.
