کریم باقری در هشتم آذر ماه سال ۱۳۸۹ هم‌زمان با بازی تاریخی ایران با برزیل با اعلام تصمیم خود مبنی بر خداحافظی از [[فوتبال]] پس از هجده سال بازی در بالاترین سطح فوتبال ایران و جهان برای همیشه از دنیای فوتبال کناره‌گیری کرد.<ref>{{یادکرد وب| عنوان = تصمیمم را گرفته‌ام و دیگر برنمی‌گردم/ مربیگری هرگز، مدیریت شاید | ناشر = مهر نیوز| نشانی = http://www.mehrnews.com/fa/NewsDetail.aspx?NewsID=1200480 | تاریخ بازدید = ۴ اکتبر ۲۰۱۱| تاریخ = ۸ آذر ۱۳۸۹}}</ref><ref>{{یادکرد وب| عنوان = کریم باقری: خداحافظ فوتبال!| ناشر = وبگاه گل | نشانی = http://www.goal.com/iran/news/1825/ایران/2010/11/29/2236334/کریم-باقری-خداحافظ-فوتبال| تاریخ بازدید = ۴ اکتبر ۲۰۱۱| تاریخ = ۲۹ نوامبر ۲۰۱۰}}</ref><ref>{{یادکرد وب| عنوان = کریم باقری از فوتبال خداحافظی کرد | ناشر =همشهری آنلاین | نشانی = http://hamshahrionline.ir/news-121903.aspx | تاریخ بازدید = ۴ اکتبر ۲۰۱۱| تاریخ = ۸ آذر ۱۳۸۹}}</ref>
علاقه به استقلال
=== بازی در برابر تراکتورسازی ===
در لیگ نهم فوتبال ایران، شایعه‌هایی مبنی بر تمایل نداشتن کریم باقری برای حضور در برابر تیم زادگاهش، تراکتورسازی، به وجود آمد.<ref>{{یادکرد وب| عنوان = دایی:بازی نکردن کریم باقری برابر تراکتور شایعه‌است | ناشر = رجا نیوز| نشانی = http://www.rajanews.com/detail.asp?id=47800 | تاریخ بازدید = ۳ اکتبر ۲۰۱۱| تاریخ = ۲۱ فروردین ۱۳۸۹}}</ref><ref>{{یادکرد وب| عنوان = کریم باقری باز هم تمرین نکرد | ناشر = وبگاه گل | نشانی = http://www.goal.com/iran/news/1825/ایران/2010/04/13/1876380/کریم-باقری-باز-هم-تمرین-نکرد| تاریخ بازدید = ۳ اکتبر ۲۰۱۱| تاریخ = ۱۳ آوریل ۲۰۱۰}}</ref>
کریم باقری در مصاحبه ای درسال۸۸اعلام کرد که در دوران کودکی علاقه زیادی به استقلال داشته ولی دست تقدیر جوری پیش رفت که پیراهن باشگاه پیروزی را بپوشد.
کریم باقری در مصاحبه‌ای در مورد دلایل عدم حضور در برابر تراکتورسازی گفت «الان چند سالی می‌شود که هیچ وقت برابر تراکتورسازی بازی نکرده‌ام، من احترام خاصی برای مردم شهرم و هواداران تیم تراکتورسازی که خاطرات زیادی از آن دارم قایلم و دلیلم برای بازی نکردن مقابل تیم سابقم همین بوده‌است.»<ref>{{یادکرد وب| عنوان = باقری در گفتگو با گل:قطعاً مقابل تراکتور بازی می‌کنم | ناشر = وبگاه گل | نشانی =http://www.goal.com/iran/news/1825/ایران/2010/04/11/1873693/باقري-در-گفت-و-گو-با-گلقطعا-مقابل-تراكتور-بازي-مي-كنم | تاریخ بازدید = ۳ اکتبر ۲۰۱۱| تاریخ = ۱۱ آوریل ۲۰۱۰}}</ref> باقری در بازی رفت [[باشگاه فوتبال پرسپولیس|پرسپولیس]] در برابر [[تیم فوتبال تراکتورسازی تبریز|تراکتورسازی]] در تهران غایب بود و در بازی برگشت در تبریز نیز فقط یک‌نیمه به زمین رفت.<ref>{{یادکرد وب| عنوان = کریم باقری پس از ۱۶ سال مقابل تراکتورسازی | ناشر = وبگاه باشگاه فرهنگی ورزشی پرسپولیس | نشانی = http://www.perspolis-fc.com/sn/news/pt/full/id/1845 | تاریخ بازدید = ۳ اکتبر ۲۰۱۱| تاریخ = ۲۴ فروردین ۱۳۸۹}}</ref>
همچنین در تقابل با استقلال تهران یک گل از پشت محوطه جریمه به ثمر رساند که باعث خاتمه دربی‌هایی بود که در آن دوره با تساوی دو تیم به پایان می‌رسید.
