تبار اسماعیل به [[شیخ صفی‌الدین اردبیلی]] (۷۱۳–۶۳۱ خورشیدی) میرسد. او تبارش به زرین کلاه کرد میرسد. اسماعیل فرزند [[شیخ حیدر (صفویه)|شیخ حیدر]] است و مادرش [[حلیمه (مارتا)|مارتا]] یا ''عالمشاه بیگم''، دختر سلطان [[اوزون حسن|اوزون حسن آق‌قویونلو]] و تئودورا ([[دسپینا خاتون]]) دختر شاه طرابوزان [[ترابوزان]] بود<ref>جعفریان، ۲۸:۱۳۷۸و یوسف جمالی، تاریخ تحولات عصر صفوی، ۱۳۸۵:۴۵۰</ref> تیودورا به این شرط با [[اوزون حسن]] ازدواج کرد که دین خود را نگاه دارد و تا آخر عمر از آزادی دینی برخوردار باشد. به همین دلیل به همراه خود یک کشیش و چند موعظه‌گر و ندیم مسیحی به ایران آورد و در شهر [[دیاربکر|آمِد]] یک کلیسا بنا کرد تا یکشنبه‌ها برای عبادت برود. بعدها و با دست یابی اوزون حسن به بخش بزرگ ایران و پایتخت شدن تبریز، تئودورا کلیسای باشکوهی در تبریز ساخت و کشیشان و مبلغان مسیحی را به آن جا آورد. در ارزنجان نیز که بیشتر ارمنی بودند دو کلیسا با نام‌های سیمون و یحیی ساخت، البته بنای این کلیساها به [[اوزون حسن]] نسبت داده شد.
