پس از قیام [[شاه اسماعیل]] و تفتیش عقاید مذهبی در ایران، فضلالله به [[ماوراءالنهر]] گریخته و در شهر غازان (در حال حاضر مرکز حکومت [[تاتارستان]]) اقامت میگزیند. در سال ۹۰۹ هجری قمری در همین شهر، کتاب «''ابطال نهج الباطل و اهمال کشف العاطل''» را در رد بر کتاب [[نهج الحق]] [[علامه حلی|ابن مطهر حلی]] مینویسد.<ref name="همان، صفحهٔ ۱۷۷177">همان، صفحهٔ ۱۷۷177</ref> دربارهٔ کم توجهی تذکره نویسان به خواجه فضلالله، نکته ای را باید ذکر نمود و آن اینکه هر چند مراجع مختلف کم و بیش از احوال و آثار وی یاد کردهاند؛ ولی چون سخت مبغوض و مورد تعاقب شاه اسماعیل بود، بالطبع کسی را یارای آن نبود که همچنان عالم و دانشمند مؤثر الوجودی مانند او را که در عین حال معروفیت هم داشت معرفی نماید؛ لذا آنچه در آن زمان دربارهٔ او نوشتهاند، مختصر و آمیخته به ابهام است. ابهام از این جهت که او دوستدار اهل بیت و ائمه اطهار بود؛ ولی با خلط مبحث، او را به دشمنی آنان متهم کردند.<ref name="همان، صفحهٔ ۱۷۷177"/>
=== ردیه بر «ابطال نهج الباطل و اهمال کشف العاطل» ===
[[احقاق الحق|احقاق الحق و ازهاق الباطل]] کتابی در سه حوزه کلام و اصول فقه و فقه به ویژه مبحث امامت، به زبان عربی که در سده یازدهم هجری توسط [[قاضی نورالله شوشتری]] نگاشته شدهاست. این کتاب (احقاق الحق) پاسخ و ردی بر کتاب «ابطال نهج الباطل و اهمال کشف العاطل» ''قاضی فضل بن روزبهان'' دانشمند سنی، و دفاعیه ای بر کتاب «[[نهج الحق و کشف الصدق]]» [[علامه حلی]]، دانشمند شیعه است. [[قاضی نورالله شوشتری]] مطالب آن را با بیانات منطقی و در خور فهم اغلب مردم نوشته و تمام منابع آن را از کتابها و احادیث اهل سنت گرفته و به آنها استشهاد نمودهاست. مبحث امامت این کتاب بسیار مفصل است و نگارش کتاب که در سال ۱۰۱۴ ه.ق تمام شد، باعث کشته شدن نویسنده گشت.<ref>ریحانة الادب، [[محمدعلی مدرس خیابانی]]، جلد ۳، صفحهٔ ۳۸۵</ref><ref>[https://library.tebyan.net/a/Viewer/Text/49125/3 کتابخانه دیجیتالی تبیان، احقاق الحق]</ref><ref>[http://tahoor.com/fa/article/view/29384 دایرة المعارف طهور]</ref>