او در ۲۰ مهر ۱۳۸۶ در حینحالی صحبتکه با نامزدشمردی جوان در یکی از پارک‌هایپارک های همدان بود، توسط نیروهای بسیج دستگیر و به بازداشتگاه [[ستاد امر به معروف و نهی از منکر]] شهر [[همدان]] فرستاده شده بود. پس از ۴۸ ساعت، خانواده‌اش که برای آگاهی از وضعیتش به [[نیروی انتظامی]] همدان مراجعه کرده بودند با خبر مرگ وی روبرو شدند. بردار وی اذعان داشت : من با پسري كه همراه خواهرم بازداشت شده بود صحبت كردم البته او را از همان ابتدا آزاد كرده بودند و چيزي در مورد مرگ زهرا نمي دانست چرا كه زمان حادثه در آنجا نبوده است.<ref>تعیین علت مرگ زهرا بنی یعقوب[http://www.irwomenmagiran.netcom/spipnpview.phpasp?article4810 خودکشی دکتر زهرا ساختگی است - کانون زنانID=1580436 ایرانی<!-- عنوان تصحیح شده توسط ربات -->]</ref>
بر طبق گزارش‌های رسمی، خانم [[زهرا بنی یعقوب]] در [[زندان]] در شب بازداشت [[خودکشی]] کرده‌است. در صورتی‌که خانواده وی و برخی از رسانه‌های خارجی [[قتل]] توسط ضرب و شتم در بازداشت را عامل مرگش دانسته‌اند.<ref>[http://www.akhbar-rooz.com/news.jsp?essayId=12282 اخبار روز - آیا زهرا بنی یعقوب واقعاً خودکشی کرده‌است؟]</ref>
