هیئت امناء که عالی‌ترین مرجع تصمیم‌گیری در مورد این دانشگاه است تشکیل شده از: سه نفر از اعضای هیئت مؤسس که حتماً یک‌نفر از آن‌ها باید روحانی باشد (در حال حاضر: [[علی‌اکبر ولایتی]]، [[سید حسن خمینی]]، [[عبدالله جاسبی]])،<ref>{{یادکرد وب|نویسنده=|کد زبان=|تاریخ=۹ بهمن ۱۳۹۵|وبگاه=خبر آنلاین|نشانی=http://www.khabaronline.ir/detail/629605/society/education|عنوان=ولایتی، سیدحسن خمینی و جاسبی عضو هیئت امنای دانشگاه آزاد شدند}}</ref> رئیس دانشگاه ([[محمدمهدی طهرانچی|محمد مهدی طهرانچی]])، وزیر بهداشت ([[سیدسعید حسن قاضی‌زاده هاشمینمکی]]) و وزیر علوم ([[منصور غلامی]])، رئیس نهاد نمایندگی رهبری در دانشگاه‌ها (محمد محمدیان)، و سه نفر از اعضای هیئت علمی تمام وقت دانشگاه‌ها در مرتبه دانشیاری یا بالاتر که هیچ‌گونه سمت مدیریتی و حکومتی غیر از تدریس و پژوهش نداشته باشند به تصویب شورای عالی انقلاب فرهنگی ([[محمدمهدی طهرانچی]]، [[فریدون عزیزی]]، [[فرهاد رهبر]])<ref>{{یادکرد وب|تاریخ=۸ اردیبهشت ۱۳۹۰|نشانی=http://www.bultannews.com/fa/news/46485/هيأت-امناي-دانشگاه-آزاد-بالاخره-تكميل-شد|عنوان=هیئت امنای دانشگاه آزاد بالاخره تکمیل شد|ناشر=بولتن نیوز|تاریخ بازدید=}}</ref><ref>{{یادکرد وب|تاریخ=|نشانی=http://www.iau.ac.ir/2012-11-06-19-32-18/24-vije/1683-2014-03-17-11-14-47.html|عنوان=رئیس دانشگاه آزاد اسلامی: انتخاب حجت‌الاسلام والمسلمین ناطق نوری به عنوان عضو هیئت مؤسس و دکتر جاسبی عضو هیئت امناء کاملاً قانونی و طبق اساسنامه دانشگاه انجام شد|ناشر=دانشگاه آزاد اسلامی|تاریخ بازدید=۲۱ نوامبر ۲۰۱۴}}</ref><ref>{{یادکرد وب|نویسنده=|کد زبان=|تاریخ=۲۰ تیر ۱۳۹۶|وبگاه=مهر|نشانی=http://www.mehrnews.com/news/4028426/سه-تن-از-اعضای-هیات-امنای-دانشگاه-آزاد-انتخاب-شدند|عنوان=سه تن از اعضای هیئت امنای دانشگاه آزاد انتخاب شدند}}</ref>
