فساد سازمان حکومتی، جایگاه اوباش در مناصب دولتی، غارتگری‌های حاکمین شهرها، ولخرجی‌های هنگفت شاه، [[مالیات]]های کمر شکن، سقوط بازرگانی خارجی و نظایر آن از دلایل مستقیم فروپاشی نظام حکومتی صفویه در زمان شاه سلطان حسین بود.
از نظر داخلی تربیت بد شاهزادگان در دربار صفوی مهم‌ترین مشکل را درست کرد. این اشتباه را خوداز شاهزمان عباس اولیکم شروعآغاز کرد. او نسبت به فرزندانش بدبین بود و ولی عهد خود صفی میرزا را نیز کشت. چون نسبت به او مشکوک بود. شاه عباس همه افراد نزدیک به خود را حذف کرد تا فقط خودش بماند. اما تصور نمی‌کرد که باید برای بعد از خود او هم کسی بماند. بالاخره او نوه اش را جانشین خودش کرد که همان شاه صفی است. از آن به بعد برای تردیدی که نسبت به شاهزادگان داشتند آن‌ها را در داخل دربار و پنهان نگاه می‌داشتند تا قزلباشان از آن‌ها سوءاستفاده نکنند.شد این وضعیت ادامه یافت تا این که افرادیفردی مانند شاه سلیمان و پسرش شاه سلطان حسین به قدرت رسیدندرسید که تربیت سیاسی کافی نداشتندنداشت و چون در بچگی زندگی آرامی داشتند روحیاتشانروحیاتش هم آرام بود و در وقت بالا گرفتن مشکلات کاری از دستشاندستش برنمی‌آمد.<ref>[http://www.bashgah.net/fa/content/show/37300 حکومت داری به شیوه شاه سلطان حسین صفوی]</ref> هرچندبا کهاینکه زمینه‌های سقوط صفویه در زمان [[شاه عباس یکم]] پایه‌ریزی شد اما شاه سلطان حسین، مقصر اصلی سقوط این سلسله‌استسلسله چرا کهاست. ضعف‌نفس و بی‌اعتناییبی‌اعتنا بودن او به امور کشوری و لشکری باعث در هم ریختن اوضاع [[ایران]] آن زمان شد. سلطان حسین، فاضل و خداترس، اما برعکس نیاکانش، به اوضاع سپاه بی‌اعتنابی اعتنا بود تا جایی که حقوق دو سال سپاهیان ترکمان را نپرداخت و در نتیجه آنان به [[آذربایجان]] گریختند و به قتل و غارت دست زدند. از دیگر موارد ضعف حکومت سلطان حسین، تعدد مراکز تصمیم‌گیری در امور مملکت بود که در جنگ [[گلناباد]] و عقب‌نشینی نابهنگام سپاهیان صفوی از فرح‌آباد، خود را نشان داد. افزون بر آن، خلع سلاح ارمنیان [[جلفا]] و یاری نرساندن به ایشان در مقابله با افغان‌ها، برخورد نادرست با والی [[گرجستان]] و سرانجام بالا گرفتن دعوای [[متشرعه]] و [[متصوفه]] و نیز غفلت از تحولاتی که در دنیای پیرامون روی داده بود، همراه با کنار گذاشتن احکام شرع و بی‌اعتنایی و بی‌حرمتی به صوفیانی که حامی اولیه و اصلی صفویان بودند، همه در سقوط دولت صفوی کارساز بودند.<ref name="حسین صفوی">[http://www.encyclopaediaislamica.com/ حسین صفوی]</ref> حتی زمانی که افغان‌ها [[اصفهان]] را محاصره کردند و هنوز امکان خروج از شهر وجود داشت او حاضر به ترک شهر برای گردآوری نیرو نشد و آخرین فرصت طلایی را از دست داد.<ref>غفاری‌فرد، عباسقلی، ''[[تاریخ تحولات سیاسی، اجتماعی، اقتصادی و فرهنگی ایران در دوران صفویه]]''، [[سمت]]، ۱۳۸۱. (ص ۲۷۴)</ref>
شاه سلطان حسین به‌قدری به امور کشور بی‌اعتنا بود که در پاسخ به هر چیزی که به او اطلاع می‌دادند و هر کاری که انجام می‌دادند فقط به گفتن «یخشی دور» (بسیار خوب است) بسنده می‌کرد چنان‌که یکی از معاصران وی در اینباره سروده‌است:<ref>[[عبدالحسین نوایی|نوایی، عبدالحسین]]، ''[[متون تاریخی به زبان فارسی]]''، [[سمت]]، ۱۳۷۵. (ص ۲۰۶ به نقل از [[مجمع‌التواریخ]])</ref>
