انتخاب طبیعی نمیتواند منجر به پیدایش اندام جدید شود. اما برای اینکه انتخاب طبیعی بتواند منجر به فرگشت،فرگشت ، یعنی صفات تازه و گونه‌های جدید گردد، گوناگونی ژنتیکی قابل [[توارث]] که سبب تنوع سازواری افراد می‌شود ضروری است. گوناگونی ژنتیکی نتیجه جهش، [[بازترکیبی]] (شکستن یک اسید نوکلئیک واتصال دوباره آن به یک مولکول [[اسید نوکلئیک]] دیگر مانند آنچه در [[تقسیم میوز]] رخ می‌دهد) و تغییرات [[کاریوتیپی]] (تغییر در تعداد، شکل، اندازه و آرایش داخلی [[کروموزم]]ها) است. هر یک از این تغییرات می‌تواند منجر به یک اثر بسیار پر سود یا بسیار پر ضرر شود ولی بروز یک اثر چشمگیر رخدادی بسیار نادر است. در گذشته غالب تغییرات ایجاد شده در ماده ژنتیکی را خنثی یا نزدیک به خنثی در نظر می‌گرفتند و علت آن را بروز غالب این تغییرات در [[قسمت غیر کلیدی دی ان آ]] (بخش فاقد رمز دی ان آ)<ref>noncoding DNA</ref> که منجر به [[جانشینی همنام]]<ref>Synonymous substitution</ref> می‌شود می‌دانستند. با این حال در پژوهش‌های اخیر احتمال اثر مخرب بسیاری از جهش‌هایی که در بخش غیر کلیدی دی ان آ رخ می‌دهند پیشنهاد شده‌است. بر اساس تعریف سازواری، افرادی که سازوارترند احتمال تولید مثل بالاتری دارند و در مقابل افراد ناسازوار در معرض مرگ زودرس یا شکست در زاد و ولد قرار دارند. در نتیجه [[آلل]]هایی که به‌طور میانگین سبب سازواری بالاتری می‌شوند، در نسل بعدی فراوانی بیشتری خواهند داشت. از سوی دیگر آلل‌هایی که باعث کاهش سازواری هستند در نسل‌های بعد نادر تر خواهند شد. اگر فشارهای انتخابی تغییر قابل توجهی در طی نسل‌های پیاپی نکنند، [[آلل]]های مفید به تدریج فراوانتر خواهند شد و سرانجام غالب خواهند گردید. در این شرایط آلل‌های ناسازوار به تدریج ناپدید خواهند شد. در هر نسل جهش‌ها و بازترکیبی‌های خود بخود که سبب ایجاد طیف تازه‌ای از فنوتیپ‌ها خواهند بود، رخ می‌دهد. این روند سبب فراوان شدن آلل‌های سودمند در طول نسل‌های متمادی خواهد شد. صفات ایجاد شده تغییرناپذیر نخواهند بود. صفاتی که در یک محیط سازوار و سودمند محسوب می‌شوند ممکن است در اثر تغییر شرایط محیط دیگر چنان سودمند نباشند. در شرایط جدید چنین صفتی دیگر مورد گزینش انتخاب طبیعی نخواهد بود و به تدریج دچار تغییر و زوال خواهد شد یا به صورت نماد وستیجیال یک صفت خود را نشان خواهند داد. در بسیاری از موارد ساختمان [[وستیجیال]] عملکرد خود را به‌طور بسیار محدود حفظ می‌کند یا اینکه کارکرد تازه‌ای درطی پدیده‌ای به نام [[پیش سازگاری]]<ref>preadaptation</ref> پیدا خواهد کرد ([[پیش سازگاری]] پدیده‌ای است که در آن یک [[ارگانیسم]] از ساختمان آناتومیک پیشین که از نیاکانش دریافت کرده به منظوری تازه استفاده می‌کند. نمونه آن استفاده [[دایناسور]]ها از [[پر]] برای پرواز است که احتمالا در ابتدا به عنوان عایق حرارتی در آن‌ها ایجاد شده بود اما این صرفا یک فرضیه است و قابل اثبات نیست. همین حالت را در تغییر شکل [[غدد عرق]] به [[غدد شیری]] در [[پستانداران]] می‌توان مشاهده کرد). نمونه مشهور ساختمان [[وستیجیال]] وجود چشم در [[موش کور]] است که احتمالاً برای درک تغییرات طول روز در طی فصول سال بکار می‌رود اما این فرضیه هم نیاز به اثبات علمی دارد.
=== به‌وجود آمدن گونه‌های جدید ([[گونه‌زایی]])<ref>Speciation</ref> ===
