وی پس از سرکوب اعتراضات مردمی در سال ۱۳۸۸ با انتشار بیانیه شدیدالحنی به انتقاد از رویه مقامات جمهوری اسلامی پرداخت.<ref>[{{یادکرد وب |url=http://ettelaat.net/09-juli/news.asp?id=39433&sort=Iran |title=نامه دکتر ایرج فاضل وزیر سابق فرهنگ و آموزش عالی و وزیر اسبق بهداشت: '''از بی‌ادبی که در حق مردم به ویژه جوانان رشید و آگاه روا داشته‌اید پوزش بخواهید'''<!-- عنوان تصحیح شده توسط ربات -->] |accessdate=۲۳ ژوئیه ۲۰۰۹ |archiveurl=https://web.archive.org/web/20110615134527/http://ettelaat.net/09-juli/news.asp?id=39433&sort=Iran |archivedate=۱۵ ژوئن ۲۰۱۱ |dead-url=yes }}</ref> وی در آذر ۱۳۸۸ توسط [[محمود احمدی‌نژاد]] از ریاست [[فرهنگستان علوم پزشکی]]، که مدت نوزده سال مسئولیت آن را بر عهده داشت، کنار گذاشته شد.<ref>[{{یادکرد وب |url=http://www.tabnak.ir/fa/pages/?cid=79146 |title=تابناک] |accessdate=۳۰ دسامبر ۲۰۰۹ |archiveurl=https://web.archive.org/web/20100101041853/http://tabnak.ir/fa/pages/?cid=79146 |archivedate=۱ ژانویه ۲۰۱۰ |dead-url=yes }}</ref>
