به پرونده [[انفجار در دفتر نخست‌وزیری جمهوری اسلامی ایران|انفجار نخست‌وزیری در ۸ شهریور ۱۳۶۰]]، در سه مرحله رسیدگی شد. مرحله سوم آن با رسیدن [[محمد موسوی خوئینی‌ها]] از اعضای جناح چپ به دادستانی کل کشور در تیر ۱۳۶۴ شروع شد. او تصمیم گرفت با سپردن این پرونده ناتمام به جناح راست تکلیف آن را روشن کند. مسئولیت رسیدگی به ابراهیم رئیسی معاون سیاسی دادسرای انقلاب تهران داده شد که او نیز مسئولیت بازجویی‌ها را به شعبه ۷ دادسرای انقلاب به ریاست [[اسدالله لاجوردی]] واگذار کرد. در این رسیدگی شماری از اعضای جناح چپ چون خسرو تهرانی مسئول سابق اطلاعات نخست‌وزیری دستگیرشده و با آنان بدرفتاری شد و سعی بر بازداشت [[بهزاد نبوی]] سخنگوی دولت [[محمدعلی رجایی]] نیز شد. به گفته بی‌بی‌سی، در این مرحله آیت‌الله خمینی، ابراهیم رئیسی، دادستان کل محمد موسوی خوئینی‌ها و رئیس دیوان‌عالی کشور عبدالکریم موسوی اردبیلی را احضار کرد و دستور داد پرونده مختومه شود. او در خصوص خسرو تهرانی و بهزاد نبوی گفت: «من از همان اول می‌دانستم که یک دستی در کار است که می‌خواهد این افراد را بدنام کند و کنار بزند. النهایه فکر کردم آقایان به قضیه می‌رسند و خاتمه می‌دهند ولیکن الان احساس می‌کنم که باز قضایا به جاهای دیگر کشیده می‌شود.» نتیجتاً زندانیان این پرونده در ۷ خرداد ۱۳۶۵ آزاد شدند.<ref>{{یادکرد وب | نام خانوادگی=باستانی | نام=حسین | عنوان=چه شد که آیت‌الله خمینی گفت پرونده ۸ شهریور 'باید بسته شود' | وبگاه=BBC Persian | تاریخ=2016-08-16 | سال=2016 | پیوند=http://www.bbc.com/persian/iran/2016/08/160829_l39_8-shahrivar_35th-anniversary | کد زبان=fa | تاریخ بازبینی=2017-04-28}}</ref><ref>{{یادکرد وب | نام خانوادگی=باستانی | نام=حسین | عنوان=ابراهیم رئیسی و پرونده‌های 'فتنه': از انفجار ۸شهریور تا اعدام‌های ۸۸ | وبگاه=BBC Persian | تاریخ=2017-04-22 | سال=2017 | پیوند=http://www.bbc.com/persian/iran-features-39610137 | کد زبان=fa | تاریخ بازبینی=2017-04-28}}</ref><ref>{{یادکرد وب | عنوان=موسوی خوئینی‌ها و ابراهیم رئیسی؛ پرونده‌های ناتمام | پیوند=https://iranwire.com/fa/features/21440 | کد زبان=ar | تاریخ بازبینی=2017-04-28}}</ref>
<br />
=== موارد نقض حقوق بشر ===
====اعدام‌زندانیان سیاسی در ۱۳۶۷ ====
{{اصلی|اعدام دسته‌جمعی زندانیان سیاسی ایران در تابستان ۱۳۶۷}}
سید ابراهیم رئیسی به عنوان جانشین وقت دادستان تهران در قتل عام زندانیان سیاسی در استان تهران در سال ۶۷ مسئول است. او در سال ۶۷ عضو کمیته‌ای موسوم به هیئت مرگ بود که پس از طرح چند سوال در مورد عقاید سیاسی و مذهبی زندانیان، برای اعدام یا زنده ماندن آنها تصمیم می‌گرفت.<ref>{{یادکرد وب |نویسنده = |نشانی=https://www.radiofarda.com/a/f4_ibrahim_raeisi_new_head_judiciary_system/29809201.html|عنوان=ابراهیم رئیسی به عنوان رئیس جدید قوه قضائیه ایران منصوب شد | ناشر =رادیو فردا |تاریخ =۱۶ اسفند ۱۳۹۷ |تاریخ بازبینی=۱۵ آبان ۱۳۹۸}}</ref>
[[حسینعلی منتظری]] از رئیسی (معاون وقت دادستان تهران) همراه با دیگر اعضا، [[مرتضی اشراقی (دادستان)|مرتضی اشراقی]] (قاضی [[زندان اوین]])، [[حسینعلی نیری]] (دادستان تهران)، و [[مصطفی پورمحمدی]] (نماینده [[وزارت اطلاعات]]) به عنوان دست‌اندرکاران «[[اعدام زندانیان سیاسی (تابستان ۱۳۶۷)]] نام می‌برد که طی آن چند هزار تن زندانی که مشغول گذراندن احکام زندان خود بودند به اتهام باقی بودن بر سر مواضع خود بعد از [[عملیات مرصاد]]، اعدام شدند.<ref name=":4" /><ref name=":5" /> نام دو نفر اول در فرمان روح‌الله خمینی آمده‌است. این گروه چهار نفره، به کمیسیون مرگ (هیئت مرگ) شهرت داشتند و مسئول اعدام هزاران نفر از زندانیان سیاسی ایران می‌باشند.<ref name=":4">{{یادکرد وب | نشانی=http://www.amontazeri.com/farsi/khaterat/html/0562.htm | عنوان=پاسخ نامه روح‌الله خمینی در ارتباط با اعدام اعضای سازمان مجاهدین خلق سرموضع در زندانها در جواب پرسش سید اححمد خمینی| ناشر=جلد اول کتاب خاطرات منتظری [[حسینعلی منتظری]] | پیوند بایگانی=http://archive.is/7s8C | تاریخ بایگانی=20 ژوئیه 2012}} نشانی جدید : [https://amontazeri.com/book/khaterat/volume-1/626 صفحه ۶۲۶]</ref><ref>{{یادکرد وب |url=http://www.amontazeri.com/farsi/khaterat/html/0562.htm |title=نسخه آرشیو شده |accessdate=۲۰ ژوئیه ۲۰۱۲ |archiveurl=https://archive.today/20120720085547/http://www.amontazeri.com/farsi/khaterat/html/0562.htm |archivedate=۲۰ ژوئیه ۲۰۱۲ |dead-url=no }}</ref> نام ابراهیم رئیسی در مرداد ماه ۱۳۹۵ در فایل صوتی منتسب به [[حسینعلی منتظری]] در مورد اعدام‌های سال ۱۳۶۷ مطرح شد و [[علی مطهری]] نایب رئیس مجلس از ابراهیم رئیسی خواست در این باره توضیح دهد.<ref>http://www.bbc.com/persian/iran/2016/08/160816_l12_iran_motahari_montazeri_file</ref><ref>http://www.bbc.com/persian/iran/2016/08/160809_l39_montazeri_67_executions</ref>
رئیسی حضور خود در این کمیسیون را تکذیب کرده‌است و گفته‌است افرادی حکم برایشان صادر شده بوده منتهی حکم‌شان اجرا نشده بوده‌است و طبق دستور روح‌الله خمینی باید دیده می‌شد شرایط اجرای حکم را دارند.<ref>{{یادکرد وب|عنوان=توضیح رئیسی در مورد اعدام‌های 67|نشانی=https://www.eghtesadnews.com/بخش-سایر-رسانه-ها-61/255409-توضیح-رئیسی-در-مورد-اعدام-های|وبگاه=اقتصاد نیوز|بازبینی=2019-05-06|کد زبان=fa}}</ref>
اما در اردیبهشت ۱۳۹۸ روح‌الله حسینیان، قائم مقام دادستان تهران در وزارت اطلاعات در دهه ۶۰ در گفت‌وگویی با برنامه اینترنتی «رو در رو»، ضمن تایید نقش ابراهیم رئیسی در اعدام زندانیان سیاسی در سال ۶۷، خواستار تقدیر از وی شد. روح‌الله حسینیان، رییس مرکز اسناد انقلاب اسلامی در بخشی از این مصاحبه گفت:« آقای رییسی کسی است که در دهه ۶۰ با برخورد با منافقین امنیت کشور را تامین کرد، به جای اینکه از ایشان تقدیر شود برخی در انتخابات آن حرف‌ها را علیه ایشان مطرح کردند و آقای روحانی برای تخریب رقیب، از همین حربه استفاده کرد و به جای تقدیر از آقای رییسی به خاطر برخورد با منافقین، آن تهمت‌ها را علیه ایشان زد.»<ref>{{یادکرد وب |نویسنده = |نشانی=https://www.khabaronline.ir/news/1256732/%D9%86%D8%A7%DA%AF%D9%81%D8%AA%D9%87-%D9%87%D8%A7%DB%8C-%D8%AD%D8%B3%DB%8C%D9%86%DB%8C%D8%A7%D9%86-%D8%A7%D8%B2-%D9%85%D9%86%D8%AA%D8%B8%D8%B1%DB%8C-%D8%A8%D8%A7%D9%86%D8%AF-%D9%87%D8%A7%D8%B4%D9%85%DB%8C-%D9%88-%D9%85%D9%86%D8%A7%D9%81%D9%82%DB%8C%D9%86-%D8%A8%D8%A7%DB%8C%D8%AF-%D8%A7%D8%B2-%D8%B1%D8%A6%DB%8C%D8%B3%DB%8C|عنوان=ناگفته‌های حسینیان از منتظری، باند هاشمی و منافقین/ باید از رئیسی تقدیر کرد | ناشر =خبرآنلاین |تاریخ =۱۵ اردیبهشت ۱۳۹۸ |تاریخ بازبینی=۱۵ آبان ۱۳۹۸}}</ref>
مسعود رضایی و [[عباس سلیمی نمین]] در کتاب پاسداشت حقیقت مدعی شدند که: مقامات جمهوری اسلامی این افراد به خاطر مشارکت در ترورهای سازمان مجاهدین خلق، مشارکت در حمله نظامی مجاهدین خلق به ایران در عملیات مرصاد یا استمرار حمایت از سازمان بعد از عملیات مرصاد اعدام شدند.<ref>مسعود رضایی و عباس سلیمی نمین، پاسداشت حقیقت، صفحه 147)</ref>
