عبدالصمد مرفاوی در دو دوره به عنوان سرمربی تیم فوتبال استقلال تهران را هدایت کرد، که هر دو دوره بعد از قهرمانی استقلال در فصل پیشین توسط [[امیر قلعه نویی]] و دستیاری خود او بوده‌است.
وی در اولین دوره در [[لیگ برتر فوتبال ایران ۸۶-۸۵|لیگ برتر ۸۶–۸۵]] به عنوان سرمربی سکان هدایت [[باشگاه فوتبال استقلال تهران|استقلال تهران]] را بر عهده گرفت، در آن فصل استقلال در حالی که تا چند هفته پایانی لیگ صدرنشین بود در پایان به رتبه جهارم بسنده کرد.
او در فصل ۱۳۸۸–۱۳۸۹ برای دومین بار سرمربی [[باشگاه فوتبال استقلال تهران|استقلال تهران]] شد. در انتهای فصل مدیر عامل وقت استقلال [[واعظ آشتیانی]] قرارداد وی را برای یک سال دیگر تمدید نمود، اما در پایان آخرین بازی لیگ و پس از تساوی در برابر تیم پیکان و از دست دادن عنوان نایب قهرمانی، از سمت خود استعفا داد و به فاصله کوتاهی خود واعظ آشتیانی هم به دلیل اختلاف با سازمان تربیت بدنی از کارش کنار رفت.
بدین ترتیب مرفاوی در دو فصل حضورش بعنوان سرمربی استقلال یک مقام سومی و یک مقام چهارمی بدست آورد.
==== مس کرمان ====
صمد مرفاوی بعد از استعفا از سرمربی گری استقلال در خرداد ۱۳۸۹ سرمربی‌گری [[باشگاه فوتبال مس کرمان|مس کرمان]] را بر عهده گرفت.
