در ماه‌های میمه و ژوئن سال ۱۹۹۳ با پیدایش خطر جنگ داخلی و از دست رفتن استقلال کشور بخاطر تشدید کامل بحران حکومتی، مردم آذربایجان با اصرار خواستار روی کار آمدن حیدر علی اف شد. رهبران وقت آذربایجان ناگزیر رسماً از حیدر علی اف به باکو دعوت کردند. حیدر علی اف در تاریخ ۱۵ ژوئن سال ۱۹۹۳ رئیس شورای عالی آذربایجان انتخاب و به موجب مصوبه مورخ ۲۴ ژوئیه مجلس ملی، کفیل رئیس‌جمهوری آذربایجان شد. حیدر علی اف در روز سوم اکتبر با دستیابی به آراء عمومی مردم، به مقام ریاست جمهوری آذربایجان انتخاب شد. او، در [[انتخابات ریاست جمهوری]] مورخ ۱۱ اکتبر که با حضور گسترده مردم برگزار می‌گردید، با کسب ۷۶٫۱ درصد آراء، مجدداً رئیس‌جمهوری آذربایجان انتخاب شد. حیدر علی‌اف که، با طرح کاندیداتوری وی جهت شرکت در انتخابات ریاست جمهوری ۱۵ اکتبر سال ۲۰۰۳ اعلام موافقت کرده بود، بعلت بروز مشکلاتی در وضع جسمانی از شرکت در این انتخابات خودداری نمود.
